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<body class='hmmessage'>Hello all,<br><br>I attempted to use a single pdb file with a single peptide chain&nbsp;&nbsp;(speptide.pdb from the tutorial) for a multiple chain simulation.&nbsp;&nbsp;This is what I did:<br><br>pdb2gmx -f speptide.pdb -p speptide.top -o speptide.gro<br><br>I then used vim to edit the section:<br><br>[ molecules ] <br>Protein&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;1<br><br>changing Protein from 1 to 2.<br><br>then I did the following commands:<br><br>editconf -f speptide -o -d 0.5<br>genbox -cp out -cs -p speptide -o b4em <br><br>They seemed to work fine, it was when I used grompp that I received error:<br><br>grompp -v -f em -c b4em -o em -p speptide <br><br>Fatal error:<br>number of coordinates in coordinate file (b4em.gro, 2741)<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; does not match topology (speptide.top, 2932)<br><br>What have I done wrong?<br><br>Thanks for your help,<br>Casey<br><br>                                               </body>
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