<html>
<head>
<style><!--
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Tahoma
}
--></style>
</head>
<body class='hmmessage'>
<pre>&gt; You've indicated in the topology that there are two peptides, but you've only 
&gt; built a coordinate file that contains one.  If you want to simulate two 
&gt; peptides, you have to build a configuration that contains two peptides.<br><br>Are you saying that I cannot use the pdb file with a single molecule?&nbsp; I would have to make a pdb file<br>with multiple molecules instead?<br></pre>                                               </body>
</html>