<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Strict//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-strict.dtd">

<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">
  <head>
    <meta content="text/html; charset=UTF-8" http-equiv="Content-Type" />
    <title></title>
  </head>

  <body>
    <p style="margin: 0px;">I started a small 2 nucleic acid system for FEP testing. As well as turning on fep, I set RNA_Chain_A as the couple-moltype. I also set couple-lambda0 and couple-lambda1 to vdw-q and none respectively. I then began a &quot;steep&quot; mdrun and got this error:</p>

    <p style="margin: 0px;">&#160;</p>

    <p style="margin: 0px;">&#160;</p>

    <p style="margin: 0px;">Program mdrun, VERSION 4.5<br />
     Source code file: topsort.c, line: 112<br />
    <br />
     Fatal error:<br />
     Function type Improper Dih. not implemented in ip_pert<br />
     For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS<br />
     website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors</p>

    <p style="margin: 0px;">&#160;</p>

    <p style="margin: 0px;">I have searched for this on google and found nothing. Do I need an Improper Dihedral section in my top/itp file? I have ran this same system with fep off and it runs perfectly.</p>

    <p style="margin: 0px;">&#160;</p>

    <p style="margin: 0px;">Any help is much appreciated.</p>

    <p style="margin: 0px;"><span></span></p>

    <p style="margin: 0px;">&#160;</p>

    <p style="font-family: monospace; white-space: nowrap; margin: 5px 0px 5px 0px;">TJ Mustard<br />
    Email: mustardt@onid.orst.edu</p>
  </body>
</html>