<br><br>----- Original Message -----<br>From: "Poojari, Chetan" &lt;c.poojari@fz-juelich.de&gt;<br>Date: Thursday, September 16, 2010 20:04<br>Subject: [gmx-users] rerun warning<br>To: "gmx-users@gromacs.org" &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><br>&gt; Hi,<br>&gt; <br>&gt; I am doing&nbsp; rerun to calculate&nbsp; LJ-SR &amp; coul-SR <br>&gt; interactions and&nbsp; other energy terms for energygrps defined <br>&gt; in mdp file.<br>&gt; <br>&gt; I have constrained all bonds with lincs algorithm in mdp file.<br>&gt; <br>&gt; While running rerun i get following warnings........<br>&gt; <br>&gt; WARNING: Some frames do not contain velocities.<br>&gt; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Ekin, <br>&gt; temperature and pressure are incorrect,<br>&gt; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; the virial will <br>&gt; be incorrect when constraints are present.<br>&gt; <br>&gt; <br>&gt; Please can I Know if the energy values generated are they <br>&gt; incorrect........if so how can i recalculate correct energies as <br>&gt; i dont have velocities in my file to use&nbsp; g_traj<br><br>If you're not trying to calculate the kinds of *kinetic* quantities described in the warning, then you don't care. Your first sentence sounds like you're after *static* quantities. If you do want kinetic quantities, then you're in trouble.<br><br>Mark