<span><p><style><!-- .hmmessage P { margin:0px; padding:0px } body.hmmessage { font-size: 10pt; font-family:Tahoma } --></style> <table><tbody><tr><td class="hmmessage"><p><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt; </font> For the single chain wiki, what is it talking about then?<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt; </font>http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Multiple_Chains<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&gt; </font>It seems to me that one would be able to use the single chain pdb file.</p></td></tr></tbody></table></p></span>&gt; To generate the system topology yes, but not to replicate the coordinates. <br><br>Bleah. Caffeine deficit.<br><br>A single-molecule .pdb file can be used to generate a topology with pdb2gmx, and that can be changed by hand for multiple such molecules, however the corresponding multiple-molecule structure file needs to be sourced seperately, e.g. with genconf.<br><br>Mark