<br><br>----- Original Message -----<br>From: Gareth Tribello &lt;gareth.tribello@gmail.com&gt;<br>Date: Thursday, September 16, 2010 4:33<br>Subject: Re: [gmx-users] Tabulated potentials and normal nonbonded interaction at the same time<br>To: Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><br>&gt; Hello<br>&gt; <br>&gt; I think what you need to do is use multiple tables.&nbsp; So you <br>&gt; have one<br>&gt; table for your CG-solvent interaction with itself and then <br>&gt; another one<br>&gt; for your CG-solvent (uncharged) interactions.&nbsp; (This second table<br>&gt; would then just a tabulated version of the Lennard Jones interaction<br>&gt; or whatever you are using.)&nbsp;&nbsp; This page might be of help:<br>&gt; <br>&gt; http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Tabulated_Potentials<br><br>While this would work, the key piece of information is that GROMACS will permit you to use different tables only for selected inter-energy-group interactions. So the OP needs suitable energy groups, and only one table. The other groups use the normal interactions.<br><br>Mark<br><br>&gt; <br>&gt; ciao<br>&gt; Gareth<br>&gt; <br>&gt; On Wed, Sep 15, 2010 at 5:40 PM, Thomas Schlesier <br>&gt; &lt;schlesi@uni-mainz.de&gt; wrote:<br>&gt; &gt; Dear Gromacs-User,<br>&gt; &gt; i want to try to simulate an atomistic molecule with CG-<br>&gt; solvent (uncharged).<br>&gt; &gt; For the atomistic molecule i want to use the normal non-bonded <br>&gt; interactions,&gt; but for the CG-solvent interaction with itself <br>&gt; and the molecule i need a<br>&gt; &gt; tabulated potential.<br>&gt; &gt; So my question is, is that possible to do in Gromacs?<br>&gt; &gt; I looked a little bit into the manual and it seems that <br>&gt; tabulated potentials<br>&gt; &gt; use the 'vdw_type' and/or the 'coulomb_type' keyword, which i <br>&gt; will need for<br>&gt; &gt; the normal interactions.<br>&gt; &gt; Greetings<br>&gt; &gt; Thomas<br>&gt; &gt; --<br>&gt; &gt; gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;gmx-users@gromacs.org<br>&gt; &gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; &gt; Please search the archive at<br>&gt; &gt; http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search before posting!<br>&gt; &gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface<br>&gt; &gt; or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; &gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists<br>&gt; &gt;<br>&gt; -- <br>&gt; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at <br>&gt; http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists