Hi everyone,<br><br>please I&#39;m doing a simulation of a dimer with a ligand.<br><br>When I want to visualize my trajectory, I have the problem that my dimer or my ligand or both diffuse out of the box and I don&#39;t have a continuous trajectory.<br>
<br>I tried many options:<br><br>1)trjconv -center -pbc mol -ur compact (centering on protein)<br><br>2) trjconv -center -pbc mol (centering on the ligand)<br><br>3) trjconv -center -pbc atom (centering on ligand)<br>    and then, trjconv -pbc whole<br>
<br>4) trjconv -pbc nojump <br>    and then trjconv -fit rot+trans<br><br>5) trjconv -center -pbc mol (centering on protein)<br>    and then trjconv -fit rot+trans<br><br>6) trjconv -center -pbc mol -ur compact (centering on ligand)<br>
    and then -fit rot+trans<br><br><u>all of these options didn&#39;t work</u><br><br>I tried a last one:<br><br>trjconv -center -pbc atom -ur compact (centering on ligand)<br>and then trjconv -pbc nojump<br>and then trjconv -fit rot+trans<br>
<br>this one is the best one but I still have one part of my molecule that diffuses out of the box at one point in my trajectory.<br><br>Please I&#39;m out of ideas, can anyone give me a hint on how to get a fully continuous trajectory entirely centered in my box?<br>
<br>Thank you<br><br>Carla<br>