<br><br>----- Original Message -----<br>From: Thomas Schlesier &lt;schlesi@uni-mainz.de&gt;<br>Date: Thursday, September 16, 2010 19:49<br>Subject: [gmx-users] Re: Tabulated potentials and normal nonbonded interaction at the same time<br>To: gmx-users@gromacs.org<br><br>&gt; Hi,<br>&gt; first, thank you for you're answers.<br>&gt; I looked more into the stuff.<br>&gt; <br>&gt; I think i would use the following setup:<br>&gt; <br>&gt; Since the CG-solvent is uncharged, i can use the normal coulomb-<br>&gt; interaction (PME) for the system.<br>&gt; <br>&gt; For the vdw-part, i would use 'vdw_type=user' and:<br>&gt; energy_grps = CG Mol<br>&gt; energygrp_tables = CG CG (CG self-interaction) CG Mol (CG-<br>&gt; Molecule interaction)<br>&gt; (CG = CG-solvent; Mol=Molecule)<br>&gt; So i would need two tables (for each interaction one).<br>&gt; With this i should get all the vdw-interaction where the CG-<br>&gt; solvent is involved.<br>&gt; <br>&gt; But since i need normal vdw-interactions for the Molecule self-<br>&gt; interaction, i would need in the .mdp-file<br>&gt; 'vdw_type = user' AND 'vdw_type = cut-off'<br>&gt; <br>&gt; Or am i wrong (hope so)? Because the only way i can think of to <br>&gt; solve the problem, would be that i make for every vdw-self-<br>&gt; interaction of the Molecule an own table, which wouldn't be good <br>&gt; (since i read somewhere that tables are slower then to <br>&gt; calculated the interaction normally).<br>&gt; <br>&gt; So how could i solve the problem, or this there no problem <br>&gt; because i didn't understand the whole stuff correctly (seems so <br>&gt; because of Marks reply)?<br><br>I haven't ever actually done it, but I'm expecting "vdw_type= cut-off" and "energygrp_tables = CG CG CG Mol" to work if you supply the two tables. What I can see in the manual neither confirms nor denies this, but it is cost-free to try :-)<br><br>Mark