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<div class=WordSection1>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'>Talk of each chain you have there as a molecule, which is what they
are.&nbsp; So what you want is multiple molecules within the box, correct?<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'>&nbsp;Once you start referring to them at molecules, then it
should become far more obvious what you need to do.&nbsp; To do that, you take
a single molecule in a coordinate file, then tell a script to put many copies
of that molecule within a given box size.&nbsp; The GROMACS scripts to date have
not really been the best for doing that, but genconf and genbox are the ones
that you can use.<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>

<div>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'>Catch ya,<br>
<br>
Dr. Dallas Warren<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'>Medicinal Chemistry and Drug Action<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'>Monash Institute of Pharmaceutical Sciences</span><span
style='font-size:10.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";color:#1F497D'>,
Monash University<br>
381 Royal Parade, Parkville VIC 3010<br>
dallas.warren@monash.edu<o:p></o:p></span></p>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'>+61 3 9909 9304<br>
---------------------------------<br>
When the only tool you own is a hammer, every problem begins to resemble a
nail.</span><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'> <o:p></o:p></span></p>

</div>

<p class=MsoNormal><span style='font-size:11.0pt;font-family:"Calibri","sans-serif";
color:#1F497D'><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>

<div style='border:none;border-left:solid blue 1.5pt;padding:0cm 0cm 0cm 4.0pt'>

<div>

<div style='border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0cm 0cm 0cm'>

<p class=MsoNormal><b><span style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>From:</span></b><span
style='font-size:10.0pt;font-family:"Tahoma","sans-serif"'>
gmx-users-bounces@gromacs.org [mailto:gmx-users-bounces@gromacs.org] <b>On
Behalf Of </b>C Johnson<br>
<b>Sent:</b> Thursday, 16 September 2010 8:32 AM<br>
<b>To:</b> gmx-users@gromacs.org<br>
<b>Subject:</b> [gmx-users] Re Multiple Chains<o:p></o:p></span></p>

</div>

</div>

<p class=MsoNormal><o:p>&nbsp;</o:p></p>

<pre>&quot;&quot;&quot;<br>
This depends entirely upon what your goal is.&nbsp; Your original question implied <o:p></o:p></pre><pre>you wished to build a system of multiple, identical peptides, pertaining to:<o:p></o:p></pre><pre><o:p>&nbsp;</o:p></pre><pre><a
href="http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Multiple_Chains#Identical_chains">http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Multiple_Chains#Identical_chains</a><o:p></o:p></pre><pre><o:p>&nbsp;</o:p></pre><pre>Now you want a multimeric protein for which there are multiple, potentially <o:p></o:p></pre><pre>different peptide, i.e.:<o:p></o:p></pre><pre><o:p>&nbsp;</o:p></pre><pre><a
href="http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Multiple_Chains#Non-identical_chains">http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Multiple_Chains#Non-identical_chains</a><o:p></o:p></pre><pre><o:p>&nbsp;</o:p></pre><pre>The approaches are completely different, as the documentation should make quite <o:p></o:p></pre><pre>clear.&nbsp; Simply &quot;having multiple chains&quot; is a very vague statement.&nbsp; Perhaps if <o:p></o:p></pre><pre>you clearly stated your goal for the simulation I (or someone else) could help <o:p></o:p></pre><pre>you better.<o:p></o:p></pre><pre><o:p>&nbsp;</o:p></pre><pre>As for the PDB site, there are probably thousands of proteins in line with what <o:p></o:p></pre><pre>you want.&nbsp; Any heteromultimeric protein would do (assuming, of course, the <o:p></o:p></pre><pre>latter case of non-identical chains).<o:p></o:p></pre><pre><o:p>&nbsp;</o:p></pre><pre>-Justin<br>
&quot;&quot;&quot;<br>
<br>
<br>
Sorry I wasn't clear.&nbsp; Basically I want to have a simulation box with as many of the same polypeptide as I can cram in, essentially a simulation of the polypeptide melted.<br>
I would like to see how the polypeptides interact with each other with the ultimate goal of simulating block copolymers.&nbsp; Since I'm new with Gromacs, I'm just trying<br>
to figure out how to run simulations with multiple chains where all chains are the same type.<br>
<br>
Justin, you've been very helpful so far and I appreciate it. <o:p></o:p></pre></div>

</div>

</body>

</html>