Hi Justin, <div>the gromacs version is 4.0.4.  </div><div>command line: pdb2gmx -f 1B9Eostate.pdb -o 1B9Eostate.gro -p 1B9Eostate.top -ff amber03</div><div>message: WARNING: atom H is missing in residue ILE 2 in the pdb file</div>
<div>         You might need to add atom H to the hydrogen database of residue ILE</div><div>         in the file ff???.hdb (see the manual)</div><div>beginning of pdb file:</div><div><div>ATOM      1  N   NGLYA   1      -5.201   9.673  -2.852  1.00 21.99           N  </div>
<div>ATOM      2  CA  NGLYA   1      -3.724   9.368  -2.711  1.00 21.30           C  </div><div>ATOM      3  C   NGLYA   1      -3.320   8.030  -3.324  1.00 18.48           C  </div><div>ATOM      4  O   NGLYA   1      -4.164   7.323  -3.878  1.00 24.81           O  </div>
<div>ATOM      5  N   ILE A   2      -2.065   7.644  -3.159  1.00 13.65           N  </div><div>ATOM      6  CA  ILE A   2      -1.579   6.399  -3.716  1.00 12.18           C  </div><div>ATOM      7  C   ILE A   2      -2.254   5.174  -3.077  1.00 15.61           C  </div>
<div>ATOM      8  O   ILE A   2      -2.629   4.249  -3.786  1.00 13.09           O  </div><div>ATOM      9  CB  ILE A   2      -0.037   6.325  -3.601  1.00 12.48           C  </div><div>ATOM     10  CG1 ILE A   2       0.494   5.122  -4.357  1.00 14.27           C  </div>
<div>ATOM     11  CG2 ILE A   2       0.397   6.250  -2.171  1.00  7.71           C  </div><div>ATOM     12  CD  ILE A   2       1.946   5.193  -4.618  1.00 11.64           C  </div><div>ATOM     13  N   VAL A   3      -2.487   5.202  -1.759  1.00 19.67           N  </div>
<div>ATOM     14  CA  VAL A   3      -3.123   4.072  -1.065  1.00 21.16           C  </div><div>ATOM     15  C   VAL A   3      -4.531   3.814  -1.605  1.00 21.76           C  </div><div>ATOM     16  O   VAL A   3      -4.954   2.670  -1.806  1.00 20.69           O  </div>
<div>ATOM     17  CB  VAL A   3      -3.225   4.312   0.465  1.00 21.43           C  </div><div>ATOM     18  CG1 VAL A   3      -3.687   3.033   1.165  1.00 21.34           C  </div><div>ATOM     19  CG2 VAL A   3      -1.885   4.782   1.039  1.00 19.65           C  </div>
</div><div><br></div>