<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">Dear Gromacs Users,<br><br>I am using plain cutoff for my 12-mer protein.<br>The grompp reports ARG to have a big charge group. this was also highlighted in the following mail<br>http://www.mail-archive.com/gmx-users@gromacs.org/msg32098.html<br><br>I was just think if changing the charges on these atoms would help,<br>from<br>13&nbsp;&nbsp;&nbsp; CT2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; ARG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CD&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.011&nbsp;&nbsp; ; qtot 1.2<br>14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; ARG&nbsp;&nbsp;&nbsp; HD1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.09&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 1.29<br>15&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; ARG&nbsp;&nbsp;&nbsp; HD2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.09&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 1.38<br>16&nbsp;&nbsp;&nbsp; NC2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; ARG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; NE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.007&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.68<br>17&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; ARG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.44&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 1.12<br>18&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; ARG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CZ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.64&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.011&nbsp;&nbsp; ; qtot 1.76<br>19&nbsp;&nbsp;&nbsp; NC2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 ARG&nbsp;&nbsp;&nbsp; NH1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.007&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.96<br>20&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; ARG&nbsp;&nbsp; HH11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.46&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 1.42<br>21&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; ARG&nbsp;&nbsp; HH12&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.46&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 1.88<br>22&nbsp;&nbsp;&nbsp; NC2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; ARG&nbsp;&nbsp;&nbsp; NH2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.007&nbsp;&nbsp; ; qtot 1.08<br>23&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; ARG&nbsp;&nbsp; HH21&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.46&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 1.54<br>24&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; ARG&nbsp;&nbsp; HH22&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.46&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 2<br>
<br><br>to<br>



        
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                BODY,DIV,TABLE,THEAD,TBODY,TFOOT,TR,TH,TD,P { font-family:"Arial"; font-size:x-small }
                 --></style><br>&nbsp;&nbsp; CD&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.18<br>&nbsp; HD1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.06<br>&nbsp; HD2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.06<br>&nbsp;&nbsp; NE&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.7<br>&nbsp;&nbsp; HE&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.4<br>&nbsp;&nbsp; CZ&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.6<br>&nbsp; NH1&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.8<br>&nbsp;HH11&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.5<br>&nbsp;HH12&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.5<br>&nbsp; NH2&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.8<br>&nbsp;HH21&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.5<br>&nbsp;HH22&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.5<br><br>The above transformation of charges seems reasonable.<br><br>Would like to know if this is okay...<br><br><br>Best,<br>nahren<br><br><br></td></tr></table><br>