<html>

<head>

<style><!--

.hmmessage P

{

margin:0px;

padding:0px

}

body.hmmessage

{

font-size: 10pt;

font-family:Tahoma

}

--></style>

</head>

<body class='hmmessage'>

Hi,<br><br>No, you should never change the charges in a force field!<br><br>Run pdb2gmx again with the -nochargegrp option.<br>That will make the size of all charge groups a single atom.<br>This will be done automatically in the 4.5.2 release which will be out soon.<br><br>Berk<br><br><hr id="stopSpelling">Date: Fri, 17 Sep 2010 02:32:31 -0700<br>From: meetnahren@yahoo.com<br>To: gmx-users@gromacs.org<br>Subject: [gmx-users] ARG Charmm gmx 4.5.1<br><br><table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0"><tbody><tr><td style="font: inherit;" valign="top">Dear Gromacs Users,<br><br>I am using plain cutoff for my 12-mer protein.<br>The grompp reports ARG to have a big charge group. this was also highlighted in the following mail<br>http://www.mail-archive.com/gmx-users@gromacs.org/msg32098.html<br><br>I was just think if changing the charges on these atoms would help,<br>from<br>13&nbsp;&nbsp;&nbsp; CT2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; ARG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CD&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.011&nbsp;&nbsp; ; qtot 1.2<br>14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; ARG&nbsp;&nbsp;&nbsp; HD1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.09&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 1.29<br>15&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; ARG&nbsp;&nbsp;&nbsp; HD2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.09&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 1.38<br>16&nbsp;&nbsp;&nbsp; NC2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; ARG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; NE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.7&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.007&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.68<br>17&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; ARG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.44&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 1.12<br>18&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; ARG&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CZ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.64&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12.011&nbsp;&nbsp; ; qtot 1.76<br>19&nbsp;&nbsp;&nbsp; NC2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;

 ARG&nbsp;&nbsp;&nbsp; NH1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.007&nbsp;&nbsp; ; qtot 0.96<br>20&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; ARG&nbsp;&nbsp; HH11&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.46&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 1.42<br>21&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; ARG&nbsp;&nbsp; HH12&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.46&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 1.88<br>22&nbsp;&nbsp;&nbsp; NC2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; ARG&nbsp;&nbsp;&nbsp; NH2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.8&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14.007&nbsp;&nbsp; ; qtot 1.08<br>23&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; ARG&nbsp;&nbsp; HH21&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;

 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.46&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 1.54<br>24&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; HC&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; ARG&nbsp;&nbsp; HH22&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.46&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.008&nbsp;&nbsp; ; qtot 2<br>

<br><br>to<br>

        <title>Message body</title>

        <style>

.ExternalClass, .ExternalClass DIV, .ExternalClass TABLE, .ExternalClass THEAD, .ExternalClass TBODY, .ExternalClass TFOOT, .ExternalClass TR, .ExternalClass TH, .ExternalClass TD, .ExternalClass P

{font-family:'Arial';font-size:x-small;}

</style><br>&nbsp;&nbsp; CD&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.18<br>&nbsp; HD1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.06<br>&nbsp; HD2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.06<br>&nbsp;&nbsp; NE&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.7<br>&nbsp;&nbsp; HE&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.4<br>&nbsp;&nbsp; CZ&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.6<br>&nbsp; NH1&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.8<br>&nbsp;HH11&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.5<br>&nbsp;HH12&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.5<br>&nbsp; NH2&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.8<br>&nbsp;HH21&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.5<br>&nbsp;HH22&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.5<br><br>The above transformation of charges seems reasonable.<br><br>Would like to know if this is okay...<br><br><br>Best,<br>nahren<br><br><br></td></tr></tbody></table><br>

      <br>-- 

gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org

http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users

Please search the archive at http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search before posting!

Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the 

www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.

Can't post? Read http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists                                               </body>

</html>