<div class="gmail_quote">Sorry for my mistake about the group names.</div><div class="gmail_quote"><br></div><div class="gmail_quote">I was confused just to find it difficult to simultaneously fix one group (layer0) but pull another (layer2). It is possible to fix an absolute reference and pull layer2, but layer0 might follow the motion of layer2. For such experiment, the relative speeds between different layers are the most important.</div>
<div class="gmail_quote"><br></div><div class="gmail_quote">In my own MD code which can deal with only few kinds of atoms, I use a constraint to fix the COM of layer0, and add a constant force on each atom of layer2. My own MD can also do such thing, fix layer0 and slide layer2 at constant velocity. It seems GROMACS can do the same thing, the constant-speed sliding. However, I hope both can be done.</div>
<div class="gmail_quote"><br></div><div class="gmail_quote">Because I am a new user of GROMACS, I am thinking such a way:</div><div class="gmail_quote"><br></div><div class="gmail_quote">Pulling layer2 by a constant force. (by using COM pulling parameters)</div>
<div class="gmail_quote">and</div><div class="gmail_quote">Fix layer0 by kinda constraint defined in the topology</div><div class="gmail_quote"><br></div><div class="gmail_quote">does this work?</div><div class="gmail_quote">
<br></div><div class="gmail_quote">cheers</div><div class="gmail_quote">xiaohua</div><div class="gmail_quote"><br></div><div class="gmail_quote">On Mon, Sep 20, 2010 at 10:04 AM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;"><div class="im"><br>
<br>
Xiaohua Zhang wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Dear gmx-users<br>
<br>
I want to design such kind of computer experiment:<br>
<br>
For a system composed of non-bonded three layers (carbon nanotubes, graphene, or whatever), I want to fix layer0 (the group name) to exactly (0,0,0), and pull layer2 by a constant force, for example, along positive x all the time. The layer1 is free to move. I am confused to define the COM pulling parameters, under the latest GROMACS 4.5.1, because it seems possible to pull layer2<br>

pull = constant_force<br>
pull_geometry  =  direction_periodic<br>
pull_ngroups  =  2<br>
pull_group2 = layer2<br>
pull_vec2 =  1.0 0.0 0.0<br>
pull_k2 =  a number in unit kJ mol-1 nm-1<br>
but how about group1 ?<br>
<br>
Could you give me some suggestion?<br>
<br>
</blockquote>
<br></div>
If group1 is free to move, i.e., not under the influence of any pulling force, then it does not need to be considered in the pulling section.  So you will have one reference group (group0), one pull group (pull_ngroup = 1), and all other groups pertain to group2 (which are then listed as pull_group1, pull_vec1, etc).<br>

<br>
I don&#39;t know if you can simultaneously fix layer0 to (0,0,0) in this scheme, since Gromacs builds all boxes relative to the origin (i.e., the box corner originates from the origin).  If you leave pull_group0 blank, then pulling on pull_group1 will be done with respect to an absolute reference of (0,0,0).<br>

<br>
<a href="http://manual.gromacs.org/current/online/mdp_opt.html#pull" target="_blank">http://manual.gromacs.org/current/online/mdp_opt.html#pull</a><br>
<br>
-Justin<br>
<br>
-Justin<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div class="im">
cheers<br>
xiaohua<br>
<br>
-- <br>
Xiaohua Zhang<br>
<br>
Suzhou Institute of Nano-Tech and Nano-Bionics<br>
Ruoshui Road 398, Suzhou 215123, China<br>
<br>
Phone: +86 512 62872552<br>
Mobile: +86 137 71904040<br></div>
Email: <a href="mailto:zhangxh@fudan.edu.cn" target="_blank">zhangxh@fudan.edu.cn</a> &lt;mailto:<a href="mailto:zhangxh@fudan.edu.cn" target="_blank">zhangxh@fudan.edu.cn</a>&gt;<br>
Email: <a href="mailto:xhzhang2009@sinano.ac.cn" target="_blank">xhzhang2009@sinano.ac.cn</a> &lt;mailto:<a href="mailto:xhzhang2009@sinano.ac.cn" target="_blank">xhzhang2009@sinano.ac.cn</a>&gt;<br>
<br>
</blockquote>
<br>
-- <br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
========================================<br><font color="#888888">
-- <br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
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Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
</font></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Xiaohua Zhang<br><br>Suzhou Institute of Nano-Tech and Nano-Bionics<br>Ruoshui Road 398, Suzhou 215123, China<br><br>Phone: +86 512 62872552<br>Mobile: +86 137 71904040<br>
Email: <a href="mailto:zhangxh@fudan.edu.cn" target="_blank">zhangxh@fudan.edu.cn</a><br>Email: <a href="mailto:xhzhang2009@sinano.ac.cn" target="_blank">xhzhang2009@sinano.ac.cn</a><br>