<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">Dear Mark Abraham sir,  thank you for your reply<br>                                                                                 i have edited my .top files in gromacs as u said when i run the ./grompp it shows the error as follows <br>./grompp_d  -f em.mdp -c spep_b4em.gro -p spep.top -o spep_em.tpr<br><br>ignoring obsolete mdp entry 'cpp'<br><br>Back Off! I just backed up mdout.mdp to ./#mdout.mdp.4#<br>checking input for internal consistency...<br>processing topology...<br>Opening library file /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/ffG53a6.itp<br>Opening library file /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/ffG53a6nb.itp<br>Opening library file /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/ffG53a6bon.itp<br>Opening library file /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/ff_dum.itp<br>Generated 222 of the 1653 non-bonded parameter
 combinations<br>-------------------------------------------------------<br>Program grompp_d, VERSION 4.0.7<br>Source code file: toppush.c, line: 1379<br><br>Fatal error:<br>Incorrect number of parameters - found 2, expected 0 or 0 for Connect Bonds<br><strong>what could i do to avod error?  i am expecting your valuable reply</strong><br><br></td></tr></table><br>