Dear gmx-users<div><br></div><div>I want to design such kind of computer experiment:</div><div><br></div><div>For a system composed of non-bonded three layers (carbon nanotubes, graphene, or whatever), I want to fix layer0 (the group name) to exactly (0,0,0), and pull layer2 by a constant force, for example, along positive x all the time. The layer1 is free to move. I am confused to define the COM pulling parameters, under the latest GROMACS 4.5.1, because it seems possible to pull layer2</div>
<div>pull = constant_force</div><div><div>pull_geometry  =  direction_periodic</div><div>pull_ngroups  =  2</div><div>pull_group2 = layer2</div><div>pull_vec2 =  1.0 0.0 0.0</div><div>pull_k2 =  a number in unit kJ mol-1 nm-1</div>
</div><div>but how about group1 ?</div><div><br></div><div>Could you give me some suggestion?</div><div><br></div><div>cheers</div><div>xiaohua</div><div><br>-- <br>Xiaohua Zhang<br><br>Suzhou Institute of Nano-Tech and Nano-Bionics<br>
Ruoshui Road 398, Suzhou 215123, China<br><br>Phone: +86 512 62872552<br>Mobile: +86 137 71904040<br>Email: <a href="mailto:zhangxh@fudan.edu.cn" target="_blank">zhangxh@fudan.edu.cn</a><br>Email: <a href="mailto:xhzhang2009@sinano.ac.cn" target="_blank">xhzhang2009@sinano.ac.cn</a><br>

</div>