Hi Justin,<br>    Presently i too facing the same exact problem. I built the topology for a chromophore in the protein and entered all the new parameters in the .rtp, atp, hdb and defined the bonded and nonbonded parameters. Finally i got the following error.<br>
<br>Fatal error:<br>Atom OXT in residue CRIH 64 was not found in rtp entry CRIH with 27 atoms<br>while sorting atoms.<br><br>By this time if you identified the problem. Please help me too. Thank you.<br>Rama<br><br><div class="gmail_quote">
On Mon, Sep 20, 2010 at 3:00 PM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
<br>
<br>
Mark Abraham wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
<br>
<br>
----- Original Message -----<br>
From: &quot;Justin A. Lemkul&quot; &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;<br>
Date: Tuesday, September 21, 2010 6:30<br>
Subject: [gmx-users] Problem with pdb2gmx and a new residue<br>
To: Gromacs Users&#39; List &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
<br>
 &gt;<br>
 &gt; Hi All,<br>
 &gt;<br>
 &gt; I&#39;m trying to build a topology for a chromophore-containing<br>
 &gt; protein using Gromacs 4.5 and OPLS-AA.  The chromophore is<br>
 &gt; incorporated into the protein&#39;s backbone and the parameters all<br>
 &gt; come from a reputable publication, so I&#39;ve done the following:<br>
 &gt;<br>
 &gt; 1. Created a new .rtp entry<br>
 &gt; 2. Created an .hdb entry<br>
 &gt; 3. Defined all nonbonded parameters for new atomtypes in the<br>
 &gt; .atp and ffnonbonded.itp file<br>
 &gt; 4. Defined all new bonded parameters in ffbonded.itp<br>
<br>
I think you need to define CRO as Protein in residuetypes.dat so that the pdb2gmx mechanism can deduce that it should form a C-terminal peptide link in the absence of an end-of-chain marker.<br>
<br>
</blockquote>
<br>
I had done that, I forgot to mention it.  I tried using my modified residuetypes.dat from both the working directory and in $GMXLIB.<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
Similarly, I have a modified peptide in what&#39;s become my &quot;system for generating pdb2gmx bugzilla reports&quot;, and with 4.5.1 and git head, if I omit the residuetypes.dat definition I see<br>
<br>
Identified residue ALA1 as a starting terminus.<br>
Warning: Residue KCX193 in chain has different type (Other) from starting residue ALA1 (Protein).<br>
Warning: Residue ASP194 in chain has different type (Protein) from starting residue ALA1 (Protein).<br>
Warning: Residue ASP195 in chain has different type (Protein) from starting residue ALA1 (Protein).<br>
Warning: Residue GLU196 in chain has different type (Protein) from starting residue ALA1 (Protein).<br>
Warning: Residue ASN197 in chain has different type (Protein) from starting residue ALA1 (Protein).<br>
More than 5 unidentified residues at end of chain - disabling further warnings.<br>
Identified residue THR192 as a ending terminus.<br>
&lt;snip&gt;<br>
-------------------------------------------------------<br>
Program pdb2gmx_master, VERSION 4.5.1-20100916-6d51340<br>
Source code file: ../../../src/kernel/pdb2gmx.c, line: 655<br>
<br>
Fatal error:<br>
Atom OXT in residue VAL 467 was not found in rtp entry VAL with 16 atoms<br>
while sorting atoms.<br>
.<br>
For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS<br>
website at <a href="http://www.gromacs.org/Documentation/Errors" target="_blank">http://www.gromacs.org/Documentation/Errors</a><br>
-------------------------------------------------------<br>
<br>
This is a bit different, inasmuch as I see the error on the final residue of the first chain, rather then on the modified residue, as you do. However pdb2gmx should cope better with this case - clearly it&#39;s confused in the above messages about non-matching types.<br>

<br>
We should probably file a bugzilla, even if this fixes your symptoms.<br>
<br>
</blockquote>
<br>
I figured as much, just thought I&#39;d check to see if I&#39;d missed anything obvious.  Thanks for the reply.  I&#39;ll file a bugzilla.<br>
<br>
-Justin<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
Mark<br>
  &gt; The coordinate file was then input into pdb2gmx with an<br>
 &gt; oplsaa.ff directory in the working directory.  I received<br>
 &gt; the following error (identical with version 4.5 and the most<br>
 &gt; recent git with release-4-5-patches):<br>
 &gt;<br>
 &gt; pdb2gmx -f struct.pdb<br>
 &gt; ...<br>
 &gt; -------------------------------------------------------<br>
 &gt; Program pdb2gmx, VERSION 4.5.1-20100920-03d181e<br>
 &gt; Source code file: pdb2gmx.c, line: 655<br>
 &gt;<br>
 &gt; Fatal error:<br>
 &gt; Atom OXT in residue CRO 331 was not found in rtp entry CRO with<br>
 &gt; 39 atoms<br>
 &gt; while sorting atoms.<br>
 &gt; .<br>
 &gt; For more information and tips for troubleshooting, please check<br>
 &gt; the GROMACS<br>
 &gt; website at <a href="http://www.gromacs.org/Documentation/Errors" target="_blank">http://www.gromacs.org/Documentation/Errors</a><br>
 &gt; -------------------------------------------------------<br>
 &gt;<br>
 &gt; The CRO residue is my chromophore.  I&#39;m wondering why<br>
 &gt; pdb2gmx is finding an OXT atom in the following coordinates:<br>
 &gt;<br>
 &gt; ...<br>
 &gt; ATOM   2528  N   LEU A<br>
 &gt; 330     -13.640  10.888 -25.907  &gt; 1.00  0.00<br>
 &gt; ATOM   2529  CA  LEU A<br>
 &gt; 330     -12.513  11.013 -26.852  &gt; 1.00  0.00<br>
 &gt; ATOM   2530  C   LEU A<br>
 &gt; 330     -11.281  10.183 -26.416  &gt; 1.00  0.00<br>
 &gt; ATOM   2531  O   LEU A<br>
 &gt; 330     -10.625   9.588 -<br>
 &gt; 27.277  1.00  0.00<br>
 &gt; ATOM   2532  CB  LEU A<br>
 &gt; 330     -12.159  12.493 -27.066  &gt; 1.00  0.00<br>
 &gt; ATOM   2533  CG  LEU A<br>
 &gt; 330     -13.206  13.415 -27.691  &gt; 1.00  0.00<br>
 &gt; ATOM   2534  CD1 LEU A<br>
 &gt; 330     -12.913  14.905 -27.393  &gt; 1.00  0.00<br>
 &gt; ATOM   2535  CD2 LEU A<br>
 &gt; 330     -13.400  13.160 -29.207  &gt; 1.00  0.00<br>
 &gt; ATOM   2536  N   CRO A<br>
 &gt; 331     -10.669   9.142 -<br>
 &gt; 25.611  1.00  0.00<br>
 &gt; ATOM   2537  CE  CRO A<br>
 &gt; 331      -7.407  12.564 -<br>
 &gt; 27.240  1.00  0.00<br>
 &gt; ATOM   2538  SD  CRO A<br>
 &gt; 331      -8.035  12.603 -<br>
 &gt; 25.595  1.00  0.00<br>
 &gt; ATOM   2539  CG1 CRO A<br>
 &gt; 331      -8.731  10.996 -<br>
 &gt; 25.519  1.00  0.00<br>
 &gt; ATOM   2540  CB1 CRO A<br>
 &gt; 331      -9.618  10.846 -<br>
 &gt; 24.279  1.00  0.00<br>
 &gt; ATOM   2541  CA1 CRO A<br>
 &gt; 331     -10.227   9.470 -<br>
 &gt; 24.406  1.00  0.00<br>
 &gt; ATOM   2542  C1  CRO A<br>
 &gt; 331     -10.304   8.516 -<br>
 &gt; 23.260  1.00  0.00<br>
 &gt; ATOM   2543  N2  CRO A<br>
 &gt; 331      -9.873   8.765 -<br>
 &gt; 21.981  1.00  0.00<br>
 &gt; ATOM   2544  OH  CRO A<br>
 &gt; 331      -8.594  11.111 -<br>
 &gt; 15.969  1.00  0.00<br>
 &gt; ATOM   2545  CD2 CRO A<br>
 &gt; 331      -9.219   9.756 -<br>
 &gt; 19.205  1.00  0.00<br>
 &gt; ATOM   2546  CE2 CRO A<br>
 &gt; 331      -8.888  10.677 -<br>
 &gt; 18.207  1.00  0.00<br>
 &gt; ATOM   2547  CZ  CRO A<br>
 &gt; 331      -8.898  10.286 -<br>
 &gt; 16.863  1.00  0.00<br>
 &gt; ATOM   2548  CE1 CRO A<br>
 &gt; 331      -9.219   8.975 -<br>
 &gt; 16.518  1.00  0.00<br>
 &gt; ATOM   2549  CD1 CRO A<br>
 &gt; 331      -9.549   8.056 -<br>
 &gt; 17.509  1.00  0.00<br>
 &gt; ATOM   2550  CG2 CRO A<br>
 &gt; 331      -9.557   8.447 -<br>
 &gt; 18.848  1.00  0.00<br>
 &gt; ATOM   2551  CB2 CRO A<br>
 &gt; 331      -9.880   7.417 -<br>
 &gt; 19.857  1.00  0.00<br>
 &gt; ATOM   2552  CA2 CRO A<br>
 &gt; 331     -10.149   7.645 -<br>
 &gt; 21.293  1.00  0.00<br>
 &gt; ATOM   2553  C2  CRO A<br>
 &gt; 331     -10.726   6.753 -<br>
 &gt; 22.143  1.00  0.00<br>
 &gt; ATOM   2554  O2  CRO A<br>
 &gt; 331     -11.108   5.574 -<br>
 &gt; 21.819  1.00  0.00<br>
 &gt; ATOM   2555  N3  CRO A<br>
 &gt; 331     -10.810   7.255 -<br>
 &gt; 23.355  1.00  0.00<br>
 &gt; ATOM   2556  CA3 CRO A<br>
 &gt; 331     -11.435   6.545 -<br>
 &gt; 24.488  1.00  0.00<br>
 &gt; ATOM   2557  C   CRO A<br>
 &gt; 331     -10.492   6.111 -<br>
 &gt; 25.580  1.00  0.00<br>
 &gt; ATOM   2558  O   CRO A<br>
 &gt; 331     -10.993   5.596 -<br>
 &gt; 26.570  1.00  0.00<br>
 &gt; ATOM   2559  N   VAL A<br>
 &gt; 332      -9.265   5.813 -<br>
 &gt; 25.096  1.00  0.00<br>
 &gt; ATOM   2560  CA  VAL A<br>
 &gt; 332      -8.235   4.899 -<br>
 &gt; 25.607  1.00  0.00<br>
 &gt; ATOM   2561  C   VAL A<br>
 &gt; 332      -7.512   4.308 -<br>
 &gt; 24.397  1.00  0.00<br>
 &gt; ATOM   2562  O   VAL A<br>
 &gt; 332      -6.351   4.567 -<br>
 &gt; 24.155  1.00  0.00<br>
 &gt; ATOM   2563  CB  VAL A<br>
 &gt; 332      -7.312   5.633 -<br>
 &gt; 26.627  1.00  0.00<br>
 &gt; ATOM   2564  CG1 VAL A<br>
 &gt; 332      -8.127   5.980 -<br>
 &gt; 27.896  1.00  0.00<br>
 &gt; ATOM   2565  CG2 VAL A<br>
 &gt; 332      -6.687   6.887 -<br>
 &gt; 26.051  1.00  0.00<br>
 &gt; ...<br>
 &gt;<br>
 &gt; Any ideas on what&#39;s going on?  I can upload a bugzilla if<br>
 &gt; necessary, I just thought I&#39;d report here first since I&#39;m not<br>
 &gt; sure if I&#39;m doing something wrong with respect to the many new<br>
 &gt; pdb2gmx features.<br>
 &gt;<br>
 &gt; -Justin<br>
 &gt;<br>
 &gt; --<br>
 &gt; ========================================<br>
 &gt;<br>
 &gt; Justin A. Lemkul<br>
 &gt; Ph.D. Candidate<br>
 &gt; ICTAS Doctoral Scholar<br>
 &gt; MILES-IGERT Trainee<br>
 &gt; Department of Biochemistry<br>
 &gt; Virginia Tech<br>
 &gt; Blacksburg, VA<br>
 &gt; jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
 &gt; <a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
 &gt;<br>
 &gt; ========================================<br>
 &gt; --<br>
 &gt; gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
 &gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
 &gt; Please search the archive at<br>
 &gt; <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
 &gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
 &gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
 &gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
</blockquote>
<br>
-- <br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
========================================<br><font color="#888888">
-- <br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
</font></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Postdoctoral Research Scholar,<br>Department of Chemistry,<br>University of Nevada, Reno.<br>