<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">Dear Gromacs Users,<br><br>I am using ver 4.5.1.<br><br>I completed a 500 ps run of NPT (the mdp file is below). after when i try to do a prod run with both velocity and pressure read from the output of NPT, I get a error<br><br>newgrompp -f eq3npt.mdp -o eq3npttpr.tpr -p dimertop.top -c eq2nptpdb.pdb -t eq2npttrr.trr -e eq2nptedr.edr<br><br>**********<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br><br>READ 3 BOX VELOCITIES FROM eq2nptedr.edr<br><br><br>-------------------------------------------------------<br>Program newgrompp, VERSION 4.5.1<br>Source code file: enxio.c, line: 1022<br><br>Fatal error:<br>Could not find energy term named 'Xi-0-Protein'<br>For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS<br>website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors<br>-------------------------------------------------------<br><br>I cannot judge where I
 go wrong. Kindly help.<br><br>Best,<br>nahren<br><br>***********<br><br>****&nbsp; mdp file&nbsp; *******<br><br>define&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = -DPOSRES&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; position restrain the protein<br>; Run parameters<br>integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp; = md&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; leap-frog integrator<br>nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 250000 &nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; 2 * 250000 = 500 ps<br>dt&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.002&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; 2 fs<br>; Output control<br>nstxout&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 500&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; save coordinates every 0.2 ps<br>nstvout&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 500&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; save velocities every 0.2 ps<br>nstenergy&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 250&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; save energies every 0.2 ps<br>nstlog&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; =
 500&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; update log file every 0.2 ps<br>; Bond parameters<br>continuation&nbsp;&nbsp;&nbsp; = yes&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; first dynamics run<br>constraint_algorithm = lincs&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; holonomic constraints <br>constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp; = all-bonds&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; all bonds (even heavy atom-H bonds) constrained<br>lincs_iter&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; accuracy of LINCS<br>lincs_order&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 4&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; also related to accuracy<br>; Neighborsearching<br>ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = grid&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; search neighboring grid cels<br>nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 5&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; 10 fs<br>rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; short-range neighborlist cutoff (in
 nm)<br>rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.5&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; short-range electrostatic cutoff (in nm)<br>rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; short-range van der Waals cutoff (in nm)<br>; Electrostatics<br>coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp; = cut-off&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; Particle Mesh Ewald for long-range electrostatics<br>;<br>; Temperature coupling is on<br>tcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = Nose-Hoover&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; More accurate thermostat<br>tc-grps&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = Protein SOL&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; three coupling groups - more accurate<br>tau_t&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 0.2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.2&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; time constant, in ps<br>ref_t&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 300 &nbsp;&nbsp;&nbsp; 300&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; reference temperature, one for
 each group, in K<br>; Pressure coupling is on<br>pcoupl&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = Parrinello-Rahman&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; Pressure coupling on in NPT<br>pcoupltype&nbsp;&nbsp;&nbsp; = semiisotropic&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; uniform scaling of x-y box vectors, independent z<br>tau_p&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 5.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; time constant, in ps<br>ref_p&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.0&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; reference pressure, x-y, z (in bar)<br>compressibility = 4.5e-5&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.5e-5&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; isothermal compressibility, bar^-1<br>; Periodic boundary conditions<br>;pbc&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = xyz&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; 3-D PBC<br>; Dispersion correction<br>;DispCorr&nbsp;&nbsp;&nbsp; = EnerPres&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; account for cut-off vdW scheme<br>; Velocity
 generation<br>gen_vel&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = no&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; ; assign velocities from Maxwell distribution<br>; COM motion removal<br>; These options remove motion of the protein/bilayer relative to the solvent/ions<br>nstcomm&nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; = 1<br>comm-mode&nbsp;&nbsp;&nbsp; = Linear<br>comm-grps&nbsp;&nbsp;&nbsp; = system<br><br></td></tr></table><br>