<br><br>----- Original Message -----<br>From: "Justin A. Lemkul" &lt;jalemkul@vt.edu&gt;<br>Date: Tuesday, September 21, 2010 6:30<br>Subject: [gmx-users] Problem with pdb2gmx and a new residue<br>To: Gromacs Users' List &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><br>&gt; <br>&gt; Hi All,<br>&gt; <br>&gt; I'm trying to build a topology for a chromophore-containing <br>&gt; protein using Gromacs 4.5 and OPLS-AA.&nbsp; The chromophore is <br>&gt; incorporated into the protein's backbone and the parameters all <br>&gt; come from a reputable publication, so I've done the following:<br>&gt; <br>&gt; 1. Created a new .rtp entry<br>&gt; 2. Created an .hdb entry<br>&gt; 3. Defined all nonbonded parameters for new atomtypes in the <br>&gt; .atp and ffnonbonded.itp file<br>&gt; 4. Defined all new bonded parameters in ffbonded.itp<br><br>I think you need to define CRO as Protein in residuetypes.dat so that the pdb2gmx mechanism can deduce that it should form a C-terminal peptide link in the absence of an end-of-chain marker.<br><br>Similarly, I have a modified peptide in what's become my "system for generating pdb2gmx bugzilla reports", and with 4.5.1 and git head, if I omit the residuetypes.dat definition I see<br><br>Identified residue ALA1 as a starting terminus.<br>Warning: Residue KCX193 in chain has different type (Other) from starting residue ALA1 (Protein).<br>Warning: Residue ASP194 in chain has different type (Protein) from starting residue ALA1 (Protein).<br>Warning: Residue ASP195 in chain has different type (Protein) from starting residue ALA1 (Protein).<br>Warning: Residue GLU196 in chain has different type (Protein) from starting residue ALA1 (Protein).<br>Warning: Residue ASN197 in chain has different type (Protein) from starting residue ALA1 (Protein).<br>More than 5 unidentified residues at end of chain - disabling further warnings.<br>Identified residue THR192 as a ending terminus.<br>&lt;snip&gt;<br>-------------------------------------------------------<br>Program pdb2gmx_master, VERSION 4.5.1-20100916-6d51340<br>Source code file: ../../../src/kernel/pdb2gmx.c, line: 655<br><br>Fatal error:<br>Atom OXT in residue VAL 467 was not found in rtp entry VAL with 16 atoms<br>while sorting atoms.<br>.<br>For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS<br>website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors<br>-------------------------------------------------------<br><br>This is a bit different, inasmuch as I see the error on the final residue of the first chain, rather then on the modified residue, as you do. However pdb2gmx should cope better with this case - clearly it's confused in the above messages about non-matching types.<br><br>We should probably file a bugzilla, even if this fixes your symptoms.<br><br>Mark<br>&nbsp;<br>&gt; The coordinate file was then input into pdb2gmx with an <br>&gt; oplsaa.ff directory in the working directory.&nbsp; I received <br>&gt; the following error (identical with version 4.5 and the most <br>&gt; recent git with release-4-5-patches):<br>&gt; <br>&gt; pdb2gmx -f struct.pdb<br>&gt; ...<br>&gt; -------------------------------------------------------<br>&gt; Program pdb2gmx, VERSION 4.5.1-20100920-03d181e<br>&gt; Source code file: pdb2gmx.c, line: 655<br>&gt; <br>&gt; Fatal error:<br>&gt; Atom OXT in residue CRO 331 was not found in rtp entry CRO with <br>&gt; 39 atoms<br>&gt; while sorting atoms.<br>&gt; .<br>&gt; For more information and tips for troubleshooting, please check <br>&gt; the GROMACS<br>&gt; website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors<br>&gt; -------------------------------------------------------<br>&gt; <br>&gt; The CRO residue is my chromophore.&nbsp; I'm wondering why <br>&gt; pdb2gmx is finding an OXT atom in the following coordinates:<br>&gt; <br>&gt; ...<br>&gt; ATOM&nbsp;&nbsp; 2528&nbsp; N&nbsp;&nbsp; LEU A <br>&gt; 330&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -13.640&nbsp; 10.888 -25.907&nbsp; <br>&gt; 1.00&nbsp; 0.00<br>&gt; ATOM&nbsp;&nbsp; 2529&nbsp; CA&nbsp; LEU A <br>&gt; 330&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -12.513&nbsp; 11.013 -26.852&nbsp; <br>&gt; 1.00&nbsp; 0.00<br>&gt; ATOM&nbsp;&nbsp; 2530&nbsp; C&nbsp;&nbsp; LEU A <br>&gt; 330&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -11.281&nbsp; 10.183 -26.416&nbsp; <br>&gt; 1.00&nbsp; 0.00<br>&gt; ATOM&nbsp;&nbsp; 2531&nbsp; O&nbsp;&nbsp; LEU A <br>&gt; 330&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -10.625&nbsp;&nbsp; 9.588 -<br>&gt; 27.277&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>&gt; ATOM&nbsp;&nbsp; 2532&nbsp; CB&nbsp; LEU A <br>&gt; 330&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -12.159&nbsp; 12.493 -27.066&nbsp; <br>&gt; 1.00&nbsp; 0.00<br>&gt; ATOM&nbsp;&nbsp; 2533&nbsp; CG&nbsp; LEU A <br>&gt; 330&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -13.206&nbsp; 13.415 -27.691&nbsp; <br>&gt; 1.00&nbsp; 0.00<br>&gt; ATOM&nbsp;&nbsp; 2534&nbsp; CD1 LEU A <br>&gt; 330&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -12.913&nbsp; 14.905 -27.393&nbsp; <br>&gt; 1.00&nbsp; 0.00<br>&gt; ATOM&nbsp;&nbsp; 2535&nbsp; CD2 LEU A <br>&gt; 330&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -13.400&nbsp; 13.160 -29.207&nbsp; <br>&gt; 1.00&nbsp; 0.00<br>&gt; ATOM&nbsp;&nbsp; 2536&nbsp; N&nbsp;&nbsp; CRO A <br>&gt; 331&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -10.669&nbsp;&nbsp; 9.142 -<br>&gt; 25.611&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>&gt; ATOM&nbsp;&nbsp; 2537&nbsp; CE&nbsp; CRO A <br>&gt; 331&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -7.407&nbsp; 12.564 -<br>&gt; 27.240&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>&gt; ATOM&nbsp;&nbsp; 2538&nbsp; SD&nbsp; CRO A <br>&gt; 331&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -8.035&nbsp; 12.603 -<br>&gt; 25.595&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>&gt; ATOM&nbsp;&nbsp; 2539&nbsp; CG1 CRO A <br>&gt; 331&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -8.731&nbsp; 10.996 -<br>&gt; 25.519&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>&gt; ATOM&nbsp;&nbsp; 2540&nbsp; CB1 CRO A <br>&gt; 331&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -9.618&nbsp; 10.846 -<br>&gt; 24.279&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>&gt; ATOM&nbsp;&nbsp; 2541&nbsp; CA1 CRO A <br>&gt; 331&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -10.227&nbsp;&nbsp; 9.470 -<br>&gt; 24.406&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>&gt; ATOM&nbsp;&nbsp; 2542&nbsp; C1&nbsp; CRO A <br>&gt; 331&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -10.304&nbsp;&nbsp; 8.516 -<br>&gt; 23.260&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>&gt; ATOM&nbsp;&nbsp; 2543&nbsp; N2&nbsp; CRO A <br>&gt; 331&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -9.873&nbsp;&nbsp; 8.765 -<br>&gt; 21.981&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>&gt; ATOM&nbsp;&nbsp; 2544&nbsp; OH&nbsp; CRO A <br>&gt; 331&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -8.594&nbsp; 11.111 -<br>&gt; 15.969&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>&gt; ATOM&nbsp;&nbsp; 2545&nbsp; CD2 CRO A <br>&gt; 331&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -9.219&nbsp;&nbsp; 9.756 -<br>&gt; 19.205&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>&gt; ATOM&nbsp;&nbsp; 2546&nbsp; CE2 CRO A <br>&gt; 331&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -8.888&nbsp; 10.677 -<br>&gt; 18.207&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>&gt; ATOM&nbsp;&nbsp; 2547&nbsp; CZ&nbsp; CRO A <br>&gt; 331&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -8.898&nbsp; 10.286 -<br>&gt; 16.863&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>&gt; ATOM&nbsp;&nbsp; 2548&nbsp; CE1 CRO A <br>&gt; 331&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -9.219&nbsp;&nbsp; 8.975 -<br>&gt; 16.518&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>&gt; ATOM&nbsp;&nbsp; 2549&nbsp; CD1 CRO A <br>&gt; 331&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -9.549&nbsp;&nbsp; 8.056 -<br>&gt; 17.509&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>&gt; ATOM&nbsp;&nbsp; 2550&nbsp; CG2 CRO A <br>&gt; 331&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -9.557&nbsp;&nbsp; 8.447 -<br>&gt; 18.848&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>&gt; ATOM&nbsp;&nbsp; 2551&nbsp; CB2 CRO A <br>&gt; 331&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -9.880&nbsp;&nbsp; 7.417 -<br>&gt; 19.857&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>&gt; ATOM&nbsp;&nbsp; 2552&nbsp; CA2 CRO A <br>&gt; 331&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -10.149&nbsp;&nbsp; 7.645 -<br>&gt; 21.293&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>&gt; ATOM&nbsp;&nbsp; 2553&nbsp; C2&nbsp; CRO A <br>&gt; 331&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -10.726&nbsp;&nbsp; 6.753 -<br>&gt; 22.143&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>&gt; ATOM&nbsp;&nbsp; 2554&nbsp; O2&nbsp; CRO A <br>&gt; 331&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -11.108&nbsp;&nbsp; 5.574 -<br>&gt; 21.819&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>&gt; ATOM&nbsp;&nbsp; 2555&nbsp; N3&nbsp; CRO A <br>&gt; 331&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -10.810&nbsp;&nbsp; 7.255 -<br>&gt; 23.355&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>&gt; ATOM&nbsp;&nbsp; 2556&nbsp; CA3 CRO A <br>&gt; 331&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -11.435&nbsp;&nbsp; 6.545 -<br>&gt; 24.488&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>&gt; ATOM&nbsp;&nbsp; 2557&nbsp; C&nbsp;&nbsp; CRO A <br>&gt; 331&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -10.492&nbsp;&nbsp; 6.111 -<br>&gt; 25.580&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>&gt; ATOM&nbsp;&nbsp; 2558&nbsp; O&nbsp;&nbsp; CRO A <br>&gt; 331&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -10.993&nbsp;&nbsp; 5.596 -<br>&gt; 26.570&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>&gt; ATOM&nbsp;&nbsp; 2559&nbsp; N&nbsp;&nbsp; VAL A <br>&gt; 332&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -9.265&nbsp;&nbsp; 5.813 -<br>&gt; 25.096&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>&gt; ATOM&nbsp;&nbsp; 2560&nbsp; CA&nbsp; VAL A <br>&gt; 332&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -8.235&nbsp;&nbsp; 4.899 -<br>&gt; 25.607&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>&gt; ATOM&nbsp;&nbsp; 2561&nbsp; C&nbsp;&nbsp; VAL A <br>&gt; 332&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -7.512&nbsp;&nbsp; 4.308 -<br>&gt; 24.397&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>&gt; ATOM&nbsp;&nbsp; 2562&nbsp; O&nbsp;&nbsp; VAL A <br>&gt; 332&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -6.351&nbsp;&nbsp; 4.567 -<br>&gt; 24.155&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>&gt; ATOM&nbsp;&nbsp; 2563&nbsp; CB&nbsp; VAL A <br>&gt; 332&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -7.312&nbsp;&nbsp; 5.633 -<br>&gt; 26.627&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>&gt; ATOM&nbsp;&nbsp; 2564&nbsp; CG1 VAL A <br>&gt; 332&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -8.127&nbsp;&nbsp; 5.980 -<br>&gt; 27.896&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>&gt; ATOM&nbsp;&nbsp; 2565&nbsp; CG2 VAL A <br>&gt; 332&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -6.687&nbsp;&nbsp; 6.887 -<br>&gt; 26.051&nbsp; 1.00&nbsp; 0.00<br>&gt; ...<br>&gt; <br>&gt; Any ideas on what's going on?&nbsp; I can upload a bugzilla if <br>&gt; necessary, I just thought I'd report here first since I'm not <br>&gt; sure if I'm doing something wrong with respect to the many new <br>&gt; pdb2gmx features.<br>&gt; <br>&gt; -Justin<br>&gt; <br>&gt; -- <br>&gt; ========================================<br>&gt; <br>&gt; Justin A. Lemkul<br>&gt; Ph.D. Candidate<br>&gt; ICTAS Doctoral Scholar<br>&gt; MILES-IGERT Trainee<br>&gt; Department of Biochemistry<br>&gt; Virginia Tech<br>&gt; Blacksburg, VA<br>&gt; jalemkul[at]vt.edu | (540) 231-9080<br>&gt; http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin<br>&gt; <br>&gt; ========================================<br>&gt; -- <br>&gt; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at <br>&gt; http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists