<html dir="ltr">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
<style id="owaParaStyle" type="text/css">P {margin-top:0;margin-bottom:0;}</style>
</head>
<body ocsi="0" fpstyle="1">
<div style="direction: ltr; font-family: Tahoma; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 13px;">
<div style="">Thanks for your help Justin &amp; Terry <br>
<br>
I've been letting genion etc update it ... so there must be somewhere where i've missed it or something.&nbsp; I'll check through the files and see if I can see what's missing...<br>
<br>
xxx<br>
<br>
</div>
<div style="font-family: Times New Roman; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 16px;">
<hr tabindex="-1">
<div style="direction: ltr;" id="divRpF453440"><font color="#000000" face="Tahoma" size="2"><b>From:</b> gmx-users-bounces@gromacs.org [gmx-users-bounces@gromacs.org] on behalf of Terry [terrencesun@gmail.com]<br>
<b>Sent:</b> 22 September 2010 11:55<br>
<b>To:</b> Discussion list for GROMACS users<br>
<b>Subject:</b> Re: [gmx-users] Energy minimisation problems - coordinate file and topology file not matching.<br>
</font><br>
</div>
<div></div>
<div>
<div><br>
</div>
Hi, Natalie,
<div><br>
</div>
<div>Obviously, number of coordinates still doesn't match the topology file even you updated the topol.top *carefully*.</div>
<div>Check the topol.top thoroughly or paste several line of your coordinate and topology files may be good ideas.</div>
<div><br>
</div>
<div>Note that the topology file is lacking information for *28* atoms. Does that number remind you anything?</div>
<div><br>
</div>
<div><br>
</div>
<div>Terry<br>
<br>
<div class="gmail_quote">On Wed, Sep 22, 2010 at 6:42 PM, Natalie Stephenson <span dir="ltr">
&lt;<a href="mailto:Natalie.Stephenson@postgrad.manchester.ac.uk" target="_blank">Natalie.Stephenson@postgrad.manchester.ac.uk</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
<div>
<div style="direction: ltr; font-family: Tahoma; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 13px;">
<div>Hi everyone,<br>
<br>
I was hoping you could clear up a problem I'm having when performing energy minimisation.&nbsp; I'm following the instructions from one of the tutorials (Justin's Umbrella Sampling) with my own protein, however, this time when I try to perform the energy minimisation
 it throws out this 'fatal error message' ...<br>
<br>
&nbsp;number of coordinates in coordinate file (nrr_solv_ions.gro, 33181)<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; does not match topology (topol.top, 33153) <br>
<br>
I've been updating the topol.top file every time I've done something, so I'm not really sure what's happened.&nbsp;
<br>
<br>
Can anyone throw some light on what I've gone wrong!! <br>
Thanks loads!<br>
Natalie<br>
</div>
</div>
</div>
<br>
--<br>
gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">
http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">
gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">
http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</div>
</div>
</div>
</body>
</html>