<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">Very very thank you sir;<br>further when i run Mdrun after energy minimisatins by following command<br><span style="font-weight: bold;">./mdrun_d -s spep_em.tpr -o spep_em.trr -c spep_b4pr.gro -g em.log </span><br>I got errror as follows i am using<span style="font-weight: bold;"> Mopac/gromac</span>s intrface<br>QM/MM calculation requested.<br>there we go!<br>Layer 0<br>nr of QM atoms 14<br>QMlevel: MP2/STO-3G<br><br><span style="font-weight: bold;">number of CPUs for gaussian = 1</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">memory for gaussian = 50000000</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">accuracy in l510 = 8</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">NOT using cp-mcscf in l1003</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">Level of SA at start =
 0</span><br style="font-weight: bold;"><span style="font-weight: bold;">Segmentation fault (core dumped)</span><br>what could i do to rectify this error i am expecting you<span style="font-weight: bold;">r gem of reply</span><br><br><br>--- On <b>Tue, 21/9/10, Gerrit Groenhof <i>&lt;ggroenh@gwdg.de&gt;</i></b> wrote:<br><blockquote style="border-left: 2px solid rgb(16, 16, 255); margin-left: 5px; padding-left: 5px;"><br>From: Gerrit Groenhof &lt;ggroenh@gwdg.de&gt;<br>Subject: [gmx-users] QM/MM topology fiels problem<br>To: gmx-users@gromacs.org<br>Date: Tuesday, 21 September, 2010, 4:16 PM<br><br><div class="plainMail">&nbsp; Please read the error message: it says that you need no parameters for <br>your conn bonds.<br><br>Gerrit<br><br><br><br><br>&gt; Message: 2<br>&gt; Date: Tue, 21 Sep 2010 14:58:40 +0530 (IST)<br>&gt; From: vidhya sankar&lt;<a ymailto="mailto:scvsankar_agr@yahoo.com"
 href="/mc/compose?to=scvsankar_agr@yahoo.com">scvsankar_agr@yahoo.com</a>&gt;<br>&gt; Subject: [gmx-users] QM/MM topology fiels problem<br>&gt; To: <a ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" href="/mc/compose?to=gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>&gt; Message-ID:&lt;<a ymailto="mailto:277598.19746.qm@web95503.mail.in.yahoo.com" href="/mc/compose?to=277598.19746.qm@web95503.mail.in.yahoo.com">277598.19746.qm@web95503.mail.in.yahoo.com</a>&gt;<br>&gt; Content-Type: text/plain; charset="utf-8"<br>&gt;<br>&gt; Dear gromacs users , thank you for your reply<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;when i run the<br>&gt;&nbsp;&nbsp;&nbsp;./grompp it shows the error as follows<br>&gt; ./grompp_d -f em.mdp -c spep_b4em.gro -p spep.top -o spep_em.tpr<br>&gt;<br>&gt; ignoring obsolete mdp entry 'cpp'<br>&gt;<br>&gt; Back Off! I just backed up mdout.mdp to ./#mdout.mdp.4#<br>&gt; checking input for internal consistency...<br>&gt; processing topology...<br>&gt;
 Opening library file /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/ffG53a6.itp<br>&gt; Opening library file /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/ffG53a6nb.itp<br>&gt; Opening library file /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/ffG53a6bon.itp<br>&gt; Opening library file /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/ff_dum.itp<br>&gt; Generated 222 of the 1653 non-bonded parameter combinations<br>&gt; -------------------------------------------------------<br>&gt; Program grompp_d, VERSION 4.0.7<br>&gt; Source code file: toppush.c, line: 1379<br>&gt;<br>&gt; Fatal error:<br>&gt; Incorrect number of parameters - found 2, expected 0 or 0 for Connect Bonds<br>&gt; what could i do to avod error? i am expecting your valuable reply<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; -------------- next part --------------<br>&gt; An HTML attachment was scrubbed...<br>&gt; URL: <a href="http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20100921/ece4e258/attachment-0001.html"
 target="_blank">http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/attachments/20100921/ece4e258/attachment-0001.html</a><br>&gt;<br>&gt; ------------------------------<br>&gt;<br>&gt; Message: 3<br>&gt; Date: Tue, 21 Sep 2010 11:57:22 +0200 (MEST)<br>&gt; From: Fabio Affinito&lt;<a ymailto="mailto:f.affinito@cineca.it" href="/mc/compose?to=f.affinito@cineca.it">f.affinito@cineca.it</a>&gt;<br>&gt; Subject: Re: [gmx-users] error on compilation on BlueGene/P<br>&gt; To: Discussion list for GROMACS users&lt;<a ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" href="/mc/compose?to=gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>&gt; Message-ID:&lt;<a ymailto="mailto:4C988143.9020807@cineca.it" href="/mc/compose?to=4C988143.9020807@cineca.it">4C988143.9020807@cineca.it</a>&gt;<br>&gt; Content-Type: text/plain; charset=ISO-8859-1<br>&gt;<br>&gt; Like for the frontend, the --enable-fortran is the problem.<br>&gt; Maybe it could be useful to update the instruction page
 :)<br>&gt;<br>&gt; Fabio<br>&gt;<br>&gt;<br>&gt; On 09/21/2010 10:54 AM, Mark Abraham wrote:<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt; ----- Original Message -----<br>&gt;&gt; From: Fabio Affinito&lt;<a ymailto="mailto:f.affinito@cineca.it" href="/mc/compose?to=f.affinito@cineca.it">f.affinito@cineca.it</a>&gt;<br>&gt;&gt; Date: Tuesday, September 21, 2010 18:51<br>&gt;&gt; Subject: Re: [gmx-users] error on compilation on BlueGene/P<br>&gt;&gt; To: Discussion list for GROMACS users&lt;<a ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" href="/mc/compose?to=gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt; Thank you, Mark and Berk!<br>&gt;&gt;&gt; your suggestion was helpful and I successfully compiled on the<br>&gt;&gt;&gt; frontend.Now I have a problem when I compile on the compute nodes.<br>&gt;&gt;&gt; Configure was fine with these parameters:<br>&gt;&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt; ../configure --prefix=/bgp/userinternal/cin0644a/gromacs
 \<br>&gt;&gt;&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; --host=ppc --build=ppc64 --enable-ppc-sqrt=1 \<br>&gt;&gt;&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; --disable-ppc-altivec \<br>&gt;&gt;&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; --enable-bluegene --enable-fortran --enable-mpi \<br>&gt;&gt;&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; --with-fft=fftw3 \<br>&gt;&gt;&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; --program-suffix=_mpi_bg \<br>&gt;&gt;&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; --without-x \<br>&gt;&gt;&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;CC=mpixlc_r \<br>&gt;&gt;&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;CFLAGS="-O3 -qarch=450d -qtune=450" \<br>&gt;&gt;&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;MPICC=mpixlc_r CXX=mpixlC_r \<br>&gt;&gt;&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
 &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;CXXFLAGS="-O3 -qarch=450d -qtune=450" \<br>&gt;&gt;&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;CPPFLAGS="-I/bgp/userinternal/cin0644a/fftwlibs/include" \<br>&gt;&gt;&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;F77=mpixlf77_r FFLAGS="-O3 -qarch=auto -qtune=auto" \<br>&gt;&gt;&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;LDFLAGS="-L/bgp/userinternal/cin0644a/fftwlibs/lib" \<br>&gt;&gt;&gt;&nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp;LIBS="-lmass"<br>&gt;&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt; But when I compile using "make mdrun" the compilation stops in<br>&gt;&gt;&gt; this way.<br>&gt;&gt;&gt;<br>&gt;&gt;&gt; creating libgmxpreprocess_mpi.la<br>&gt;&gt;&gt; (cd .libs&amp;&amp;&nbsp; rm -f libgmxpreprocess_mpi.la&amp;&amp;&nbsp; ln -s<br>&gt;&gt;&gt; ../libgmxpreprocess_mpi.la libgmxpreprocess_mpi.la)<br>&gt;&gt;&gt; make[1]: *** No rule to make target
 `../mdlib/libmd_mpi.la',<br>&gt;&gt;&gt; needed by<br>&gt;&gt;&gt; `mdrun'.&nbsp; Stop.<br>&gt;&gt;&gt; make[1]: Leaving directory<br>&gt;&gt;&gt; `/bgp/userinternal/cin0644a/gmx/bgp/src/kernel'<br>&gt;&gt;&gt; Any suggestion? Thanks!<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt; Normally that would be symptomatic of an earlier error in make (or maybe<br>&gt;&gt; configure). Please check carefully.<br>&gt;&gt;<br>&gt;&gt; Mark<br>&gt;&gt;<br>&gt;<br><br>-- <br>gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; <a ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" href="/mc/compose?to=gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list.
 Use the <br>www interface or send it to <a ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" href="/mc/compose?to=gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br></div></blockquote></td></tr></table><br>