<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Strict//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-strict.dtd">

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    <p style="margin: 0px;"><span></span></p>

    <div style="margin: 5px 0px 5px 0px;">
      On September 23, 2010 at 3:02 PM Artur Panczakiewicz &lt;apanczakiewicz@gmail.com&gt; wrote:<br />
      <br />
      &gt; Dear Gromacs Users,<br />
      &gt;<br />
      &gt; I&#39;m a freshman and would like to lear how to use GROMACS in my<br />
      &gt; research starting from tutorial. I&#39;ve just installed the newest<br />
      &gt; version and try to repeat all of the steps from the chapter that<br />
      &gt; describes the preparation of Ribonuclease A to MD simulation. In my<br />
      &gt; case it is not possible, unfortunatelly. The grompp program crashes<br />
      &gt; such a way:<br />
      &gt;<br />
      &gt; -------------------------------------------------------<br />
      &gt; Program grompp, VERSION 4.5.1<br />
      &gt; Source code file: toppush.c, line: 1987<br />
      &gt;<br />
      &gt; Fatal error:<br />
      &gt; No such moleculetype SOL<br />
      &gt; For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS<br />
      &gt; website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors<br />
      &gt; -------------------------------------------------------<br />
    </div>

    <p style="margin: 0px;">&#160;</p>

    <p style="margin: 0px;">This usually means you have &quot;SOL&quot; coupled to a temperature, and if you don&#39;t have SOL in your system/.top/.gro you will get this error. This coupling is in the .mdp file. If you are running the system in a vacuum you must remove the SOL from the mdp file. If you want some kind of SOL (SPC, TIP3P, etc), you must add this in by making a box with solvent in it. The tutorial will most likely have this in it.</p>

    <p style="margin: 0px;">&#160;</p>

    <p style="margin: 0px;">&#160;</p>

    <div style="margin: 5px 0px 5px 0px;">
      &gt; &gt; I tried to install GROMACS on other machine with different Linux<br />
      &gt; distribution but the error in grompp was the same.<br />
      &gt; What is important, I installed version 4.0.7 and it works well! I<br />
      &gt; don&#39;t have any idea what is going on.<br />
      &gt; Does anyone have a similar problem?<br />
      &gt;<br />
      &gt; Regards,<br />
      &gt; Artur<br />
      &gt; --<br />
      &gt; gmx-users mailing list&#160; &#160; gmx-users@gromacs.org<br />
      &gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br />
      &gt; Please search the archive at http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search before posting!<br />
      &gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br />
      &gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br />
      &gt; Can&#39;t post? Read http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists<br />
      &gt;<br />
    </div>

    <p style="margin: 0px;">&#160;</p>

    <p style="font-family: monospace; white-space: nowrap; margin: 5px 0px 5px 0px;">TJ Mustard<br />
    Email: mustardt@onid.orst.edu</p>
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