<br><br>----- Original Message -----<br>From: Fabio Affinito &lt;f.affinito@cineca.it&gt;<br>Date: Thursday, September 23, 2010 20:54<br>Subject: Re: [gmx-users] ffyw3f library not found..<br>To: Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><br>&gt; On 09/23/2010 12:27 PM, Kamalesh Roy wrote:<br>&gt; &gt; Dear users<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; I am trying to install Gromacs-4.5 with fftw-3.2.2&nbsp; in <br>&gt; Fedora version 9,<br>&gt; &gt; when I am trying to install the Groamcs<br>&gt; &gt; after installing fftw it is giving me an error that ftwf <br>&gt; library not found.<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; Please hep me.....<br>&gt; &gt; <br>&gt; &gt; -- <br>&gt; &gt; Regards<br>&gt; &gt; Kamalesh Roy<br>&gt; &gt; <br>&gt; <br>&gt; Same problem here.<br>&gt; Using:<br>&gt; ./configure --prefix=/bgp/userinternal/cin0644a/gromacs \<br>&gt; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; --enable-ppc-sqrt \<br>&gt; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; --disable-ppc-altivec \<br>&gt; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; --with-fft=fftw3 \<br>&gt; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; --without-x \<br>&gt; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CFLAGS="-O3 -qarch=auto -qtune=auto" \<br>&gt; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CC="xlc_r -q64" \<br>&gt; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CXX="xlC_r -q64" \<br>&gt; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CXXFLAGS="-O3 -qarch=auto -qtune=auto" \<br>&gt; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; CPPFLAGS="-I/bgp/userinternal/cin0644a/fftwlibs/include" \<br>&gt; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; F77="xlf_r -q64" \<br>&gt; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; FFLAGS="-O3 -qnoprefetch -qarch=auto -qtune=auto" \<br>&gt; &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; LDFLAGS="-L/bgp/userinternal/cin0644a/fftwlibs/lib"<br>&gt; is fine with 4.0.7 but it generates<br>&gt; checking for main in -lfftw3f... no<br>&gt; configure: error: Cannot find fftw3f library<br>&gt; in 4.5.1<br>&gt; <br>&gt; I successfully installed 4.5.1 only using the --with-fft=fftpack<br><br>Don't use that, it will be diabolically slow for PME simulations!<br><br>Unfortunately, the BlueGene-specific GROMACS installation instructions didn't have the clue that the precision of GROMACS and FFTW has to match. It does now.<br><br>Presumably both you and the original poster need to install a single-precision copy of FFTW, or configure a double-precision version of GROMACS (if you know you need double precision, or don't mind your simulation being much slower).<br><br>Mark