<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">Hi,<br>This is the same email that I'd sent yesterday but has not got posted?<br>Hi,<br>I have some questions about installation of GROMACS with MPI.<br>Our <span style="border-bottom: 2px dotted rgb(54, 99, 136); background: transparent none repeat scroll 0% 0%; cursor: pointer; -moz-background-clip: border; -moz-background-origin: padding; -moz-background-inline-policy: continuous;" class="yshortcuts" id="lw_1285355606_0">system administrator</span>
has installed the 4.5.1 version in our system. When I tested the
software with "openmpi/openmpi-1.3.3-gcc/bin/mpirun" with mdrun_mpi, I
got all sorts of error message such as
"opt/apps/gromacs/gromacs-4.5.1-mpi/bin/mdrun_mpi: Symbol
`ompi_mpi_byte' has different size in shared object, consider
re-linking", and many others.<br><br>My questions:<br>1. When I prepare my system for simulations, do I have to consistently use *_mpi functions in gromacs_4.5.1_mpi directory?<br>2. Are there any details that I need to pay attention when I configure the software with openmpi?<br><br>Thanks for your help in advance.<br><br>Best,<br><br>Simon Sham<br><br></td></tr></table><br>