<div>Hi,</div>
<div> </div>
<div>Clarifications inline...<br></div>
<div class="gmail_quote">On Wed, Sep 22, 2010 at 2:01 PM, ms <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:devicerandom@gmail.com">devicerandom@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid">
<div class="im">On 21/09/10 20:45, Sai Pooja wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid">I wanted to change the interactions between the Protein and Solvent so I<br>tried using tables with the potential function scaled by a constant value. I<br>

wanted to use this in combination with forcefield parameters (charmm). I<br>changed the combination rule in the forcefield.itp file from &#39;2&#39; to &#39;1&#39;<br>since tables use C6 and C12 values. To test the system I started with<br>

default tables.<br><br>When I run grompp, it generates the .tpr file successfully but in the md<br>simulation using mdrun, settle does not converge. It does not converge for 1<br>water molecule.<br><br>If I go back to the combination rule &#39;2&#39; in the forcefield.itp file, I get a<br>

warning that using combination rule 2 with tables may generate error.<br><br>With combination rule &#39;2&#39; and cutoff for both vanderwaals and coulombtype, i<br>face no problem.<br></blockquote><br></div>I use combination rule 1; but I also define all tabulated interactions for all possible *pairs* under the [ nonbond_params ] section, so the combination rule actually doesn&#39;t matter much. </blockquote>


<div> </div>
<div>Are you suggesting that I can change the combination rule in the forcefield.itp file but I must also supply a table for pairs using -tablep option for this to work?</div>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid">
<div class="im"><br><br>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid">Does this mean that one cannot use tables with forcefield parameters?<br></blockquote></div></blockquote>
<div> </div>
<div> </div>
<div>Clarification: I want to use forcefield parameters with user defined tables i.e. I want to use sigma and epsilon values generated by pdb2gmx along with a user-defined modified potential energy function using tables.</div>


<div> </div>
<div> <br></div>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid">
<div class="im"><br></div>I am not sure of understanding with question -can you clarify?<br><br>Massimo<br></blockquote>
<div> </div>
<div> </div>
<div> </div>
<div> </div>
<div>Pooja</div>
<blockquote class="gmail_quote" style="PADDING-LEFT: 1ex; MARGIN: 0px 0px 0px 0.8ex; BORDER-LEFT: #ccc 1px solid"><font color="#888888"><br>-- <br>gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>

<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>

Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>

</font></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Quaerendo Invenietis-Seek and you shall discover.<br>