<br><br>----- Original Message -----<br>From: Thomas Schlesier &lt;schlesi@uni-mainz.de&gt;<br>Date: Friday, September 24, 2010 18:43<br>Subject: [gmx-users] make_ndx: execlude one group from another<br>To: "gmx-users@gromacs.org" &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><br>&gt; Hi all,<br>&gt; I'm trying to execlude all atoms of group 2 (140 atoms) from <br>&gt; group 1 (300 atoms), so that i have a new group 3 (with 160 atoms).<br>&gt; | is for merging with OR<br>&gt; &amp; for merging with AND<br>&gt; so ! should be for merging with NOT<br><br>No. "NOT" is a unary operator, which (in this case) negates the sense of a set. You can be in A or NOT in A. In English we might say "in B not A" which makes sense (sloppily), but there's an implicit AND binary operator to combine the two operands, viz "in B AND NOT in A". make_ndx requires the precise version.<br><br>Mark<br><br>&gt; But i tried<br>&gt; 1 ! 2<br>&gt; 2 ! 1<br>&gt; but in both cases make_ndx complains about syntax errors<br>&gt; Syntax error: "! 1" ; or same with "! 2"<br>&gt; To use NOT instead of ! doesn't work. But using AND insted of &amp; <br>&gt; also doesn't work.<br>&gt; <br>&gt; So what's the right command for merging with the NOT option?<br>&gt; <br>&gt; Greetings Thomas<br>&gt; -- <br>&gt; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at <br>&gt; http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists