<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">Hi all,<div>&nbsp;&nbsp; &nbsp;I am using GMX4.5.1 to do COM pulling .</div><div>&nbsp;&nbsp; &nbsp;; COM PULLING &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;</div><div>; Pull type: no, umbrella, constraint or constant_force</div><div>pull &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = umbrella</div><div>; Pull geometry: distance, direction, cylinder or position</div><div>pull_geometry &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= direction</div><div>; Select components for the pull vector. default: Y Y Y</div><div>pull_dim &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = N N Y</div><div>; Cylinder radius for dynamic reaction force groups (nm)</div><div>pull_r1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 1</div><div>; Switch from r1 to r0 in case of dynamic reaction force</div><div>pull_r0 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 1</div><div>pull_constr_tol &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 1e-06</div><div>pull_start &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = yes</div><div>pull_nstxout &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 10</div><div>pull_nstfout &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1</div><div>; Number of pull groups&nbsp;</div><div>pull_ngroups &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 1</div><div>; Group name, weight (default all 1), vector, init, rate (nm/ps), kJ/(mol*nm^2)</div><div>pull_group0 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= refer</div><div>pull_weights0 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;=&nbsp;</div><div>pull_pbcatom0 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0</div><div>pull_group1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= K</div><div>pull_weights1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;=&nbsp;</div><div>pull_pbcatom1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;=
 0</div><div>pull_vec1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 0.0 0.0 1.0</div><div>pull_init1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0.0</div><div>pull_rate1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = 0.001</div><div>pull_k1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= 1000</div><div>pull_kB1 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; =&nbsp;</div><div><br></div><div>I don't know why it did not pull in Z direction? And what does&nbsp;pull_start &nbsp;= yes mean?</div><div>Thanks !</div><div>Zhongjin He</div></td></tr></table><br>






      &nbsp;