Hi justin<br><br>if genbox is not able to find sufficient space then why should one calculate number density for the given box dimension?.similarly the  the number of molecules are not getting updated in the molecules section of the topology file when inserting multiple molecules using the genbox command. everytime i need to update it <a href="http://manually.is">manually.is</a> there a way to update it automatically?<br>
<br>Regards<br>Vinoth<br><br><div class="gmail_quote">On Mon, Sep 27, 2010 at 4:31 PM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
<div><div></div><div class="h5"><br>
<br>
vinothkumar mohanakrishnan wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
Hi all<br>
<br>
I have a diffculty in adding multiple molecules of hexane to my box. my box size is 4.72*2.36*2.36 (nm) according to my number density calculations the box should fit 124 molecules of hexane whereas it adds only 76 molecules to the box below is my command. i had evev tried with -try command but without sucess.<br>

<br>
genbox -cp hexane-box.gro -ci hexane.gro -p hexane.top -o hexane-multi.gro -nmol 124 -seed 1268<br>
<br>
</blockquote>
<br></div></div>
If you&#39;re not getting all the molecules you want, then genbox is unable to find sufficient space for them.  Try a larger box, then equilibrate.<br>
<br>
-Justin<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
Regards<br>
Vinoth<br>
<br>
</blockquote>
<br>
-- <br>
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<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
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