Hi Sonali,<br><br>First of all, you&#39;ll have to find a force field that supports tyrosinate and serinate. These aren&#39;t generally considered titratable and are consequently not in the list for interactive selections with pdb2gmx. Once you&#39;ve found a suitable force field, you&#39;ll have to set the protonation states by renaming the residues. Such simulations are advanced, requiring a thorough knowledge of simulations and force fields. Do check <a href="http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Parameterization">http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/Parameterization</a> if you haven&#39;t done so.<br>
<br>Hope it helps,<br><br>Tsjerk<br><br><div class="gmail_quote">On Mon, Sep 27, 2010 at 8:49 AM, sonali dhindwal <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:sonali11dhindwal@yahoo.co.in">sonali11dhindwal@yahoo.co.in</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;"><table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0"><tbody><tr><td style="font: inherit;" valign="top">
Thanks Kass for the help.<br><br>I want to specifically protonate one of the lysine near the active site and deprotonate Tyr and Ser. It will be kind if  you can please help me to know how to select that specific residue number.<br>
<br>Regards<br><div>--<br>Sonali Dhindwal</div><br><br>--- On <b>Mon, 27/9/10, Itamar Kass <i>&lt;<a href="mailto:itamar.kass@monash.edu" target="_blank">itamar.kass@monash.edu</a>&gt;</i></b> wrote:<br><blockquote style="border-left: 2px solid rgb(16, 16, 255); margin-left: 5px; padding-left: 5px;">
<br>From: Itamar Kass &lt;<a href="mailto:itamar.kass@monash.edu" target="_blank">itamar.kass@monash.edu</a>&gt;<br>Subject: Re: [gmx-users] Query regarding protonation and deprotonation of some residues<br>To: &quot;Discussion list for GROMACS users&quot; &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
Date: Monday, 27 September, 2010, 10:07 AM<div><div></div><div class="h5"><br><br><div>

  
    
  Hi,<br>
    <br>
    You need to define the protonation sate vie pdb2gmx.<br>
    <br>
    pdb2gmx -tyr -lys <br>
    <br>
    On 27/09/10 2:34 PM, sonali dhindwal wrote:
    <blockquote type="cite">
      <table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0">
        <tbody>
          <tr>
            <td style="font: inherit;" valign="top">Hello All,<br>
              <br>
              I came through this research article, in which author has
              selectively deprotonated and protonated some of the
              residues to
              simulate the condition for electrostatic interaction with
              the substrate while carrying out molecular dynamics
              simulation.<br>
              <br>
              It will be appreciable, if
              you could help me regarding the same, how to deprotonate
              Tyr
              and Ser residue and protonate Lysine residue of the
              protein while
              preparing the protein topology to be used for molecular
              dynamics simulation in Gromacs.<br>
              <br>
              Thanks and Regards.<br>
              <br>
              <div>--<br>
                Sonali Dhindwal</div>
            </td>
          </tr>
        </tbody>
      </table>
      <br>
    </blockquote>
    <br>
    <pre>-- <br><br><br>&quot;In theory, there is no difference between theory and practice. But, in practice, there is.&quot; - Jan L.A. van de Snepscheut<br><br>===========================================<br>| Itamar Kass, Ph.D.<br>
| Postdoctoral Research Fellow<br>|<br>| Department of Biochemistry and Molecular Biology<br>| Building 77 Clayton Campus<br>| Wellington Road<br>| Monash University,<br>| Victoria 3800<br>| Australia<br>|<br>| Tel: +61 3 9902 9376<br>
| Fax: +61 3 9902 9500<br>| E-mail: <a rel="nofollow" href="http://mc/compose?to=Itamar.Kass@monash.edu" target="_blank">Itamar.Kass@monash.edu</a><br>============================================</pre>
  
</div><br></div></div>-----Inline Attachment Follows-----<br><br><div>-- <br>gmx-users mailing list    <a href="http://mc/compose?to=gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>
www interface or send it to <a href="http://mc/compose?to=gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a></div>
</blockquote></td></tr></tbody></table><br><br>--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>Tsjerk A. Wassenaar, Ph.D.<br>
<br>post-doctoral researcher<br>Molecular Dynamics Group<br>* Groningen Institute for Biomolecular Research and Biotechnology<br>* Zernike Institute for Advanced Materials<br>University of Groningen<br>The Netherlands<br>