<br><br>----- Original Message -----<br>From: Shachi Katira &lt;shachi@berkeley.edu&gt;<br>Date: Tuesday, September 28, 2010 12:56<br>Subject: [gmx-users] Compilation error - GROMACS 4.5.1<br>To: gmx-users@gromacs.org<br><br><div dir="ltr"><span class="Apple-style-span" style="font-family: arial,sans-serif; font-size: 13px; border-collapse: collapse;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Hi all,<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>I get the following errors when I try to compile the double precision<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>version of GROMACS 4.5.1 using:<br>  <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>./configure --prefix=/home/shachi/gromacs --enable-double<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>--with-fft=fft3 --without-x<br><br>You need "--with-fft=fftw3".<br><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Errors:<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>In file included from nb_kernel400_x86_64_sse2.c:24:<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>../../../../include/gmx_sse2_double.h: In function `gmx_mm_sincos_pd':<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>  ../../../../include/gmx_sse2_double.h:457: warning: implicit<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>declaration of function `_mm_castsi128_pd'<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>../../../../include/gmx_sse2_double.h:457: error: invalid initializer<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>../../../../include/gmx_sse2_double.h:514: error: incompatible type<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>  for argument 1 of `_mm_and_pd'<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>../../../../include/gmx_sse2_double.h:515: error: incompatible type<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>for argument 1 of `_mm_andnot_pd'<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>../../../../include/gmx_sse2_double.h:516: error: incompatible type<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>  for argument 1 of `_mm_and_pd'<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>../../../../include/gmx_sse2_double.h:517: error: incompatible type<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>for argument 1 of `_mm_andnot_pd'<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>A similar query was posted two weeks ago<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>(<a href="http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2010-September/053984.html" target="1" style="color: rgb(6, 88, 181);">http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2010-September/053984.html</a>).<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>  I'm having the same problem in spite of using gcc 4.4.4.<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>I'm using CentOS 4, gcc 4.4.4 on an AMD Opteron 285 (x86_64). The FFTW<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>version I'm using is 3.2.2.<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>It, however, compiles fine on an Intel Xeon 5462 (IA32) machine<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>  running MacOS 10.5, gcc 4.4.4.</span><br><br>Check out the output of configure to see what compiler it thinks it is using.<br><br>Mark<br></div>