<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">Hi Gmxers,<div><br></div><div>I used the command line,&nbsp;</div><div><br></div><div>g_hbond -f tst.trr -s tst.tpr -ac test -e 500 -dt 1</div><div><br></div><div>and I got the message like,</div><div><br></div><div><span class="Apple-style-span" style="font-family: arial, helvetica, clean, sans-serif; border-collapse: collapse; line-height: 15px; -webkit-border-horizontal-spacing: 2px; -webkit-border-vertical-spacing: 2px; ">----------------------------------<br style="line-height: 1.2em; outline-style: none; outline-width: initial; outline-color: initial; ">Found 1048 different&nbsp;<span class="yshortcuts" id="lw_1285739666_0" style="line-height: 1.2em; outline-style: none; outline-width: initial; outline-color: initial; border-bottom-style: dotted; border-bottom-width: 2px; border-bottom-color: rgb(54, 99, 136); cursor: pointer; ">hydrogen
 bonds</span>&nbsp;in trajectory<br style="line-height: 1.2em; outline-style: none; outline-width: initial; outline-color: initial; ">Found 2292 different atom-pairs within&nbsp;<span class="yshortcuts" id="lw_1285739666_1" style="line-height: 1.2em; outline-style: none; outline-width: initial; outline-color: initial; ">hydrogen bonding</span>&nbsp;distance<br style="line-height: 1.2em; outline-style: none; outline-width: initial; outline-color: initial; ">Merging hbonds with Acceptor and Donor swapped<br style="line-height: 1.2em; outline-style: none; outline-width: initial; outline-color: initial; ">2/10915 <b>Segmentation fault</b><br style="line-height: 1.2em; outline-style: none; outline-width: initial; outline-color: initial; ">__________________________________<br style="line-height: 1.2em; outline-style: none; outline-width: initial; outline-color: initial; "></span></div><div><span class="Apple-style-span" style="font-family: arial, helvetica,
 clean, sans-serif; border-collapse: collapse; line-height: 15px; -webkit-border-horizontal-spacing: 2px; -webkit-border-vertical-spacing: 2px; "><br></span></div><div><span class="Apple-style-span" style="font-family: arial, helvetica, clean, sans-serif; border-collapse: collapse; line-height: 15px; -webkit-border-horizontal-spacing: 2px; -webkit-border-vertical-spacing: 2px; ">Anyone knows what could be the reason for this Segmentation Fault ?</span></div><div><span class="Apple-style-span" style="font-family: arial, helvetica, clean, sans-serif; border-collapse: collapse; line-height: 15px; -webkit-border-horizontal-spacing: 2px; -webkit-border-vertical-spacing: 2px; "><br></span></div><div><span class="Apple-style-span" style="font-family: arial, helvetica, clean, sans-serif; border-collapse: collapse; line-height: 15px; -webkit-border-horizontal-spacing: 2px; -webkit-border-vertical-spacing: 2px; ">A couple of Q's I am also
 curious,&nbsp;</span></div><div><span class="Apple-style-span" style="font-family: arial, helvetica, clean, sans-serif; border-collapse: collapse; line-height: 15px; -webkit-border-horizontal-spacing: 2px; -webkit-border-vertical-spacing: 2px; "><br></span></div><div><span class="Apple-style-span" style="font-family: arial, helvetica, clean, sans-serif; border-collapse: collapse; line-height: 15px; -webkit-border-horizontal-spacing: 2px; -webkit-border-vertical-spacing: 2px; ">why do we need to swap Acceptors and Acceptors when merging hbonds?</span></div><div><span class="Apple-style-span" style="font-family: arial, helvetica, clean, sans-serif; border-collapse: collapse; line-height: 15px; -webkit-border-horizontal-spacing: 2px; -webkit-border-vertical-spacing: 2px; "><br></span></div><div><span class="Apple-style-span" style="font-family: arial, helvetica, clean, sans-serif; border-collapse: collapse; line-height: 15px;
 -webkit-border-horizontal-spacing: 2px; -webkit-border-vertical-spacing: 2px; ">Does gromacs suggest that the number of&nbsp;</span><span class="Apple-style-span" style="font-family: arial, helvetica, clean, sans-serif; border-collapse: collapse; line-height: 15px; -webkit-border-horizontal-spacing: 2px; -webkit-border-vertical-spacing: 2px; ">different&nbsp;<span class="yshortcuts" id="lw_1285739666_0" style="line-height: 1.2em; outline-style: none; outline-width: initial; outline-color: initial; border-bottom-style: dotted; border-bottom-width: 2px; border-bottom-color: rgb(54, 99, 136); cursor: pointer; ">hydrogen bonds</span>&nbsp;in trajectory</span></div><span class="Apple-style-span" style="font-family: arial, helvetica, clean, sans-serif; border-collapse: collapse; line-height: 15px; -webkit-border-horizontal-spacing: 2px; -webkit-border-vertical-spacing: 2px; ">should be the same as that of different atom-pairs within&nbsp;<span
 class="yshortcuts" id="lw_1285739666_1" style="line-height: 1.2em; outline-style: none; outline-width: initial; outline-color: initial; ">hydrogen bonding</span>&nbsp;distance?</span><div><span class="Apple-style-span" style="font-family: arial, helvetica, clean, sans-serif; border-collapse: collapse; line-height: 15px; -webkit-border-horizontal-spacing: 2px; -webkit-border-vertical-spacing: 2px; "><br></span></div><div><span class="Apple-style-span" style="font-family: arial, helvetica, clean, sans-serif; border-collapse: collapse; line-height: 15px; -webkit-border-horizontal-spacing: 2px; -webkit-border-vertical-spacing: 2px; ">Thanks,</span></div><div><span class="Apple-style-span" style="font-family: arial, helvetica, clean, sans-serif; border-collapse: collapse; line-height: 15px; -webkit-border-horizontal-spacing: 2px; -webkit-border-vertical-spacing: 2px; "><br></span></div><div><span class="Apple-style-span" style="font-family: arial, helvetica,
 clean, sans-serif; border-collapse: collapse; line-height: 15px; -webkit-border-horizontal-spacing: 2px; -webkit-border-vertical-spacing: 2px; ">Yao&nbsp;</span></div><div><span class="Apple-style-span" style="font-family: arial, helvetica, clean, sans-serif; border-collapse: collapse; line-height: 15px; -webkit-border-horizontal-spacing: 2px; -webkit-border-vertical-spacing: 2px; "><br></span></div><div><span class="Apple-style-span" style="font-family: arial, helvetica, clean, sans-serif; border-collapse: collapse; line-height: 15px; -webkit-border-horizontal-spacing: 2px; -webkit-border-vertical-spacing: 2px; "><br></span></div></td></tr></table><br>