Dear Gromacs Users and Developers,<div><br></div><div>I&#39;m currently using Gromacs 4.5 on a Fedora 12 i686 to performed my ionic liquid MD simulation using amber 99 force field. I got my topology from topolbuild v 1.3. I successfully minimized both cation and anion separately using cg and steep. Then I include the anion in the cation system using genbox. I got error from grompp like this: </div>
<div><div>------------------------------------------------------------------------------</div><div>Back Off! I just backed up mdout.mdp to ./#mdout.mdp.3#</div><div>checking input for internal consistency...</div><div>processing topology...</div>
<div>Generated 2211 of the 2211 non-bonded parameter combinations</div><div>Generating 1-4 interactions: fudge = 0.5</div><div>Generated 2211 of the 2211 1-4 parameter combinations</div><div>Segmentation fault (core dumped)</div>
<div>[alif@NeoX MD1]$ </div><div>---------------------------------------------------------------------------------</div></div><div>Still cant find my answer in the mailing list. Sorry for the large post, but here&#39;s my .mdp and .top</div>
<div><br></div><div>---------------------------------------------------------------------------------</div><div><div>title<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">                </span>= Conjugated-Gradients Energy Minimization</div>
<div><br></div><div>; Preprocessing</div><div>cpp<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">                </span>= /lib/cpp</div><div>include<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">                </span>= -I../top</div><div>
<br></div><div>; Parameters</div><div>integrator<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>= cg</div><div>emtol<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">                </span>= 1.0</div><div>nsteps<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">                </span>= 5000</div>
<div>nstenergy<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>= 100</div><div>nstxtcout<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>= 100</div><div>xtc_grps<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>= System</div>
<div>energygrps<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>= System</div><div><br></div><div>; Neighboursearching</div><div>nstlist<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">                </span>= 5</div><div>
ns_type<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">                </span>= grid</div><div>rlist<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">                </span>= 0.9</div><div>coulombtype<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>= PME</div>
<div>rcoulomb<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>= 0.9</div><div>rvdw<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">                </span>= 0.9</div><div>constraints<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">        </span>= none</div>
<div>pbc<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">                </span>= xyz</div></div><div>-----------------------------------------------------------------------------------------------------</div><div><div>; Topology from .mol2 file</div>
<div>; topolbuild version 1.3</div><div>; Command line:</div><div>;     topolbuild -n BMIM_Test3 -ff amber99 -dir $AMBERHOME</div><div>;</div><div>; The force field files to be included</div><div>#include &quot;amber99.ff/forcefield.itp&quot;</div>
<div><br></div><div> [ moleculetype ]</div><div>; name  nrexcl</div><div>BMIM   3</div><div><br></div><div> [ atoms ]</div><div>;  nr    type   resnr   residu   atom   cgnr    charge      mass</div><div>    1          CT     1      BMIM       C    1  -0.17243  12.01100       ;  -0.1724300</div>
<div>    2          HC     1      BMIM       H    1   0.07139   1.00800       ;  -0.1010400</div><div>    3          HC     1      BMIM       H    1   0.05434   1.00800       ;  -0.0467000</div><div>    4          HC     1      BMIM       H    1   0.05138   1.00800       ;   0.0046800</div>
<div>    5          CT     1      BMIM       C    2   0.02353  12.01100       ;   0.0282100</div><div>    6          HC     1      BMIM       H    2   0.02417   1.00800       ;   0.0523800</div><div>    7          HC     1      BMIM       H    2   0.02427   1.00800       ;   0.0766500</div>
<div>    8          CT     1      BMIM       C    3   0.01014  12.01100       ;   0.0867900</div><div>    9          HC     1      BMIM       H    3   0.03312   1.00800       ;   0.1199100</div><div>   10          HC     1      BMIM       H    3   0.02952   1.00800       ;   0.1494300</div>
<div>   11          NA     1      BMIM       N    4   0.05435  14.00670       ;   0.2037800</div><div>   12          CC     1      BMIM       C    4  -0.17380  12.01100       ;   0.0299800</div><div>   13          H4     1      BMIM       H    4   0.23709   1.00800       ;   0.2670700</div>
<div>   14          NA     1      BMIM       N    6   0.07275  14.00670       ;   0.3398200</div><div>   15          CT     1      BMIM       C    5  -0.07367  12.01100       ;   0.2661500</div><div>   16          H1     1      BMIM       H    5   0.10657   1.00800       ;   0.3727200</div>
<div>   17          H1     1      BMIM       H    5   0.09108   1.00800       ;   0.4638000</div><div>   18          CC     1      BMIM       C    6  -0.08433  12.01100       ;   0.3794700</div><div>   19          H4     1      BMIM       H    6   0.20500   1.00800       ;   0.5844700</div>
<div>   20          CR     1      BMIM       C    7  -0.02624  12.01100       ;   0.5582300</div><div>   21          H5     1      BMIM       H    7   0.21862   1.00800       ;   0.7768500</div><div>   22          CT     1      BMIM       C    8  -0.18403  12.01100       ;   0.5928200</div>
<div>   23          H1     1      BMIM       H    8   0.13823   1.00800       ;   0.7310500</div><div>   24          H1     1      BMIM       H    8   0.13886   1.00800       ;   0.8699100</div><div>   25          H1     1      BMIM       H    8   0.13010   1.00800       ;   1.0000100</div>
<div>; total molecule charge =   1.0000100</div><div><br></div><div> [ bonds ]</div><div>;   ai  aj   funct      b0          kb</div><div>       1     5   1     0.15260      259408.       ;     C-     C</div><div>       1     2   1     0.10900      284512.       ;     C-     H</div>
<div>       1     3   1     0.10900      284512.       ;     C-     H</div><div>       1     4   1     0.10900      284512.       ;     C-     H</div><div>       5     8   1     0.15260      259408.       ;     C-     C</div>
<div>       5     6   1     0.10900      284511.       ;     C-     H</div><div>       5     7   1     0.10900      284512.       ;     C-     H</div><div>       8    15   1     0.15260      259408.       ;     C-     C</div>
<div>       8     9   1     0.10900      284512.       ;     C-     H</div><div>       8    10   1     0.10900      284512.       ;     C-     H</div><div>      11    12   1     0.13850      353129.       ;     N-     C</div>
<div>      11    15   1     0.13850      353129.       ;     N-     C</div><div>      11    20   1     0.13850      353129.       ;     N-     C</div><div>      12    18   1     0.14000      392459.       ;     C-     C</div>
<div>      12    13   1     0.10800      307106.       ;     C-     H</div><div>      14    18   1     0.13850      353129.       ;     N-     C</div><div>      14    20   1     0.13850      353129.       ;     N-     C</div>
<div>      14    22   1     0.13850      353129.       ;     N-     C</div><div>      15    16   1     0.10900      284512.       ;     C-     H</div><div>      15    17   1     0.10900      284512.       ;     C-     H</div>
<div>      18    19   1     0.10800      307106.       ;     C-     H</div><div>      20    21   1     0.10800      307106.       ;     C-     H</div><div>      22    23   1     0.10900      284512.       ;     C-     H</div>
<div>      22    24   1     0.10900      284512.       ;     C-     H</div><div>      22    25   1     0.10900      284512.       ;     C-     H</div><div><br></div><div> [ pairs ]</div><div>       2       8  1       ;     H-     C</div>
<div>       2       6  1       ;     H-     H</div><div>       2       7  1       ;     H-     H</div><div>       3       8  1       ;     H-     C</div><div>       3       6  1       ;     H-     H</div><div>       3       7  1       ;     H-     H</div>
<div>       4       8  1       ;     H-     C</div><div>       4       6  1       ;     H-     H</div><div>       4       7  1       ;     H-     H</div><div>       1      15  1       ;     C-     C</div><div>       1       9  1       ;     C-     H</div>
<div>       1      10  1       ;     C-     H</div><div>       6      15  1       ;     H-     C</div><div>       6       9  1       ;     H-     H</div><div>       6      10  1       ;     H-     H</div><div>       7      15  1       ;     H-     C</div>
<div>       7       9  1       ;     H-     H</div><div>       7      10  1       ;     H-     H</div><div>       5      11  1       ;     C-     N</div><div>       5      16  1       ;     C-     H</div><div>       5      17  1       ;     C-     H</div>
<div>       9      11  1       ;     H-     N</div><div>       9      16  1       ;     H-     H</div><div>       9      17  1       ;     H-     H</div><div>      10      11  1       ;     H-     N</div><div>      10      16  1       ;     H-     H</div>
<div>      10      17  1       ;     H-     H</div><div>      15      18  1       ;     C-     C</div><div>      15      13  1       ;     C-     H</div><div>      20      13  1       ;     C-     H</div><div>      12       8  1       ;     C-     C</div>
<div>      12      16  1       ;     C-     H</div><div>      12      17  1       ;     C-     H</div><div>      20       8  1       ;     C-     C</div><div>      20      16  1       ;     C-     H</div><div>      20      17  1       ;     C-     H</div>
<div>      12      21  1       ;     C-     H</div><div>      15      14  1       ;     C-     N</div><div>      15      21  1       ;     C-     H</div><div>      11      19  1       ;     N-     H</div><div>      13      14  1       ;     H-     N</div>
<div>      13      19  1       ;     H-     H</div><div>      20      19  1       ;     C-     H</div><div>      22      12  1       ;     C-     C</div><div>      22      19  1       ;     C-     H</div><div>      18      21  1       ;     C-     H</div>
<div>      22      11  1       ;     C-     N</div><div>      22      21  1       ;     C-     H</div><div>      18      23  1       ;     C-     H</div><div>      18      24  1       ;     C-     H</div><div>      18      25  1       ;     C-     H</div>
<div>      20      23  1       ;     C-     H</div><div>      20      24  1       ;     C-     H</div><div>      20      25  1       ;     C-     H</div><div><br></div><div>[ angles ]</div><div>; ai  aj  ak  funct      th0         cth</div>
<div>     2     1     5   1     109.500    418.4000     ;     H-     C-     C</div><div>     3     1     5   1     109.500    418.4000     ;     H-     C-     C</div><div>     4     1     5   1     109.500    418.4000     ;     H-     C-     C</div>
<div>     1     5     8   1     109.500    334.7200     ;     C-     C-     C</div><div>     1     5     6   1     109.500    418.4000     ;     C-     C-     H</div><div>     1     5     7   1     109.500    418.4000     ;     C-     C-     H</div>
<div>     3     1     2   1     109.500    292.8800     ;     H-     C-     H</div><div>     4     1     2   1     109.500    292.8800     ;     H-     C-     H</div><div>     4     1     3   1     109.500    292.8800     ;     H-     C-     H</div>
<div>     6     5     8   1     109.500    418.4000     ;     H-     C-     C</div><div>     7     5     8   1     109.500    418.4000     ;     H-     C-     C</div><div>     5     8    15   1     109.500    334.7200     ;     C-     C-     C</div>
<div>     5     8     9   1     109.500    418.4000     ;     C-     C-     H</div><div>     5     8    10   1     109.500    418.4000     ;     C-     C-     H</div><div>     7     5     6   1     109.500    292.8800     ;     H-     C-     H</div>
<div>     9     8    15   1     109.500    418.4000     ;     H-     C-     C</div><div>    10     8    15   1     109.500    418.4000     ;     H-     C-     C</div><div>     8    15    11   1     109.500    418.4000     ;     C-     C-     N</div>
<div>     8    15    16   1     109.500    418.4000     ;     C-     C-     H</div><div>     8    15    17   1     109.500    418.4000     ;     C-     C-     H</div><div>    10     8     9   1     109.500    292.8800     ;     H-     C-     H</div>
<div>    15    11    12   1     126.400    585.7600     ;     C-     N-     C</div><div>    20    11    12   1     120.000    585.7600     ;     C-     N-     C</div><div>    11    12    18   1     126.400    585.7600     ;     N-     C-     C</div>
<div>    11    12    13   1     120.000    418.4000     ;     N-     C-     H</div><div>    20    11    15   1     126.400    585.7600     ;     C-     N-     C</div><div>    11    15    16   1     109.500    418.4000     ;     N-     C-     H</div>
<div>    11    15    17   1     109.500    418.4000     ;     N-     C-     H</div><div>    11    20    14   1     120.000    585.7600     ;     N-     C-     N</div><div>    11    20    21   1     120.000    418.4000     ;     N-     C-     H</div>
<div>    13    12    18   1     120.000    418.4000     ;     H-     C-     C</div><div>    12    18    14   1     126.400    585.7600     ;     C-     C-     N</div><div>    12    18    19   1     120.000    418.4000     ;     C-     C-     H</div>
<div>    20    14    18   1     120.000    585.7600     ;     C-     N-     C</div><div>    22    14    18   1     126.400    585.7600     ;     C-     N-     C</div><div>    14    18    19   1     120.000    418.4000     ;     N-     C-     H</div>
<div>    22    14    20   1     120.000    585.7600     ;     C-     N-     C</div><div>    14    20    21   1     120.000    418.4000     ;     N-     C-     H</div><div>    14    22    23   1     109.500    418.4000     ;     N-     C-     H</div>
<div>    14    22    24   1     109.500    418.4000     ;     N-     C-     H</div><div>    14    22    25   1     109.500    418.4000     ;     N-     C-     H</div><div>    17    15    16   1     109.500    292.8800     ;     H-     C-     H</div>
<div>    24    22    23   1     109.500    292.8800     ;     H-     C-     H</div><div>    25    22    23   1     109.500    292.8800     ;     H-     C-     H</div><div>    25    22    24   1     109.500    292.8800     ;     H-     C-     H</div>
<div><br></div><div>[ dihedrals ]</div><div>; ai  aj   ak  al          funct    phi0          cp      mult</div><div>     2     1     5     8   1       0.000       0.669         3  ; dih      H-     C-     C-     C</div><div>
     1     5     8    15   1       0.000       0.753         3  ; dih      C-     C-     C-     C</div><div>     1     5     8    15   1     180.000       1.046         2  ; dih      C-     C-     C-     C</div><div>     1     5     8    15   1     180.000       0.837         1  ; dih      C-     C-     C-     C</div>
<div>     5     8    15    11   1       0.000       0.651         3  ; dih      C-     C-     C-     N</div><div>    20    11    12    18   9     180.0       5.85760         2  ; dih      C-     N-     C-     C</div><div>
    12    11    15     8   1       0.000       0.000         2  ; dih      C-     N-     C-     C</div><div>    12    11    20    14   9     180.0       5.85760         2  ; dih      C-     N-     C-     N</div><div>    11    12    18    14   1     180.000      15.167         2  ; dih      N-     C-     C-     N</div>
<div>    20    14    18    12   9     180.0       5.85760         2  ; dih      C-     N-     C-     C</div><div>    18    14    20    11   9     180.0       5.85760         2  ; dih      C-     N-     C-     N</div><div>
    18    14    22    23   1       0.000       0.000         2  ; dih      C-     N-     C-     H</div><div>    11    12    15    20   1     180.000       4.602         2  ; imp      N-     C-     C-     C</div><div>    12    11    18    13   1     180.000       4.602         2  ; imp      C-     N-     C-     H</div>
<div>    14    18    20    22   1     180.000       4.602         2  ; imp      N-     C-     C-     C</div><div>    18    12    14    19   1     180.000       4.602         2  ; imp      C-     C-     N-     H</div><div>
    20    11    14    21   1     180.000       4.602         2  ; imp      C-     N-     N-     H</div><div><br></div><div>; Include Position restraint file</div><div>; WARNING: Position restraints and distance restraints ought not be done together</div>
<div>#ifdef POSRES</div><div>#include &quot;posreBMIM_Test3.itp&quot;</div><div>#endif</div><div><br></div><div>; Include TFO topology</div><div>#include TFO_amber99.itp</div><div><br></div><div>; Include water topology</div>
<div>#include &quot;tip3p.itp&quot;</div><div><br></div><div>#ifdef POSRES_WATER</div><div>; Position restraint for each water oxygen</div><div>[ position_restraints ]</div><div>;  i funct       fcx        fcy        fcz</div>
<div>   1    1       1000       1000       1000</div><div>#endif</div><div><br></div><div>; Include generic topology for ions</div><div>#include &quot;ions.itp&quot;</div><div><br></div><div> [ system ]</div><div>; title from mol2 input</div>
<div>BMIMTFO</div><div><br></div><div> [ molecules ]</div><div>; molecule name    nr.</div><div>BMIM           1</div><div>TFO<span class="Apple-tab-span" style="white-space:pre">                </span>1</div></div><div>--------------------------------------------------------------------------------------------</div>
<div>Any thought, advice and support is greatly appreciated. Thank you.</div><div><br></div><div>-Alif-</div>