<html>
<head>
<style><!--
.hmmessage P
{
margin:0px;
padding:0px
}
body.hmmessage
{
font-size: 10pt;
font-family:Tahoma
}
--></style>
</head>
<body class='hmmessage'>
Hi,<br><br>g_rdf -surf mol counts the number of atoms within a distance r from the surface,<br>i.e. the atoms which have a distance of less than r to the closest atom of the molecule.<br>Since the surface can be complex and dynamic, normalization is difficult.<br><br>Berk<br><br><hr id="stopSpelling">From: chees@nus.edu.sg<br>To: gmx-users@gromacs.org<br>Date: Tue, 28 Sep 2010 16:38:58 +0800<br>Subject: [gmx-users] g_rdf normalization<br><br>


<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=unicode">
<meta name="Generator" content="Microsoft SafeHTML">


<style>
.ExternalClass p.ecxMsoNormal, .ExternalClass li.ecxMsoNormal, .ExternalClass div.ecxMsoNormal
{margin-bottom:.0001pt;font-size:11.0pt;font-family:'Calibri','sans-serif';}
.ExternalClass a:link, .ExternalClass span.ecxMsoHyperlink
{color:blue;text-decoration:underline;}
.ExternalClass a:visited, .ExternalClass span.ecxMsoHyperlinkFollowed
{color:purple;text-decoration:underline;}
.ExternalClass p.ecxMsoListParagraph, .ExternalClass li.ecxMsoListParagraph, .ExternalClass div.ecxMsoListParagraph
{margin-right:0in;margin-bottom:0in;margin-left:.5in;margin-bottom:.0001pt;font-size:11.0pt;font-family:'Calibri','sans-serif';}
.ExternalClass span.ecxEmailStyle17
{font-family:'Calibri','sans-serif';color:windowtext;}
.ExternalClass .ecxMsoChpDefault
{;}
@page WordSection1
{size:8.5in 11.0in;}
.ExternalClass div.ecxWordSection1
{page:WordSection1;}
.ExternalClass ol
{margin-bottom:0in;}
.ExternalClass ul
{margin-bottom:0in;}

</style>





<div class="ecxWordSection1">

<p class="ecxMsoNormal">Dear fellow Gromacs users</p>

<p class="ecxMsoNormal">Does anyone know how the “–surf mol”
option works?</p>

<p class="ecxMsoNormal">&nbsp;</p>

<p class="ecxMsoNormal">I am trying to calculate the coordination number for a
molecule in a slice (xy-plane, delta-z ~ 0.5 nm) of my system. I believe I understand
how to do the integration of the RDF function if I use the center-of-mass
option (-rdf mol_com), but I am more interested in calculating the coordination
number with respect to the molecular surface. I have tried to use the “–surf
mol” option together with “–cn “, and I get what I
expected to get, namely N=2. However, when I import the rdf in Excel and do the
integration, I get N=1. </p>

<p class="ecxMsoNormal">&nbsp;</p>

<p class="ecxMsoNormal">I should add that I have seen from the manual that the “-surf”
option means that normalization cannot be used. Hence, in my calculations I do
not normalize the integral with V/N.</p>

<p class="ecxMsoNormal">&nbsp;</p>

<p class="ecxMsoNormal">Does anyone have any suggestions?</p>

<p class="ecxMsoNormal">&nbsp;</p>

<p class="ecxMsoNormal">Best regards,</p>

<p class="ecxMsoNormal">Soren</p>

</div>




<br>-- 
gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org
http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users
Please search the archive at http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search before posting!
Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the 
www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.
Can't post? Read http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists                                               </body>
</html>