<table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0" ><tr><td valign="top" style="font: inherit;">Hi GMX-users,<br>I am beginning to use the steered molecular dynamics method to perform a potential of mean field calculation. In your experience, does it matter what kind of a thermostat and pressure coupling is used? Does Nose-Hoover and Parinello-Rahman perform better than Berendsen for this purpose? Does it even matter?<br><br>Also with regards to the constraints on the bonds using the "all-bonds" option, Does it matter? I worry that applying constraints on the molecule being pulled will prevent it from sampling the configurational space effectively and thus giving false results on the PMF and binding energies. Maybe I am completely off the mark here.<br>Thanks in advance.<br>Regards<br>Rama<br></td></tr></table><br>