<br><br>----- Original Message -----<br>From: ABEL Stephane 175950 &lt;Stephane.ABEL@cea.fr&gt;<br>Date: Thursday, September 30, 2010 21:21<br>Subject: [gmx-users] Error : There is no domain decomposition for<br>To: gmx-users@gromacs.org<br><br>&gt; Yeah Justin, I have already read the comments related to the <br>&gt; link before to post in the mailing list. But I don't know how to <br>&gt; correct this ? <br>&gt; &nbsp;<br>&gt; Increase/decrease the number of node or CPU ? <br><br>No, you should address the underlying issue. You have a very long-range interaction. What is it, and why?<br><br><font face="'PrimaSans BT,Verdana,sans-serif'">&gt; Initial maximum inter charge-group distances:<br>&gt;<br>&gt; two-body bonded interactions: 6.729 nm, LJ-14, atoms 11100 11107<br>&gt;<br>&gt; multi-body bonded interactions: 6.729 nm, U-B, atoms 11100 11106<br>&gt;<br>&gt; Minimum cell size due to bonded interactions: 7.402 nm<br><br></font>Mark<br><br><br>&gt; &nbsp;<br>&gt; Thank you again for your help<br>&gt; &nbsp;<br>&gt; Stephane&nbsp; <br>&gt; <br>&gt; ABEL Stephane 175950 wrote:<br>&gt; &gt; Dear All,<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; I am trying to do a MD of a system containing TIP3P water, a <br>&gt; peptide, some glycolipids molecule and ions in a cubic box. The <br>&gt; forcefield used is CHARMM and are taken from previous MD. The <br>&gt; bonded and nonbonded parameters was converted in GROMACS <br>&gt; manually because some parameters are not in present in current <br>&gt; GMX (v 4.5.1) distribution.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; I have minimized successfully the system. see below<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; ---- em.mdp -------------------<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; title = bDM+KTM17 in water<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; ; Preprocessor - specify a full path if necessary.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; cpp = cpp<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; include = -I../top<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; define = -DFLEXIBLE<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; integrator = steep<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; nstcgsteep = 5000<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; emstep = 0.01<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; emtol = 500.0<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; ;dt = 0.002<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; pbc = xyz<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; nsteps = 5000<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; nstlist = 5<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; ns_type = grid<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; rlist = 1.2<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; coulombtype = PME<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; rcoulomb = 1.2<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; rvdw = 1.2<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; fourierspacing = 0.12<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; pme_order = 4<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; ewald_rtol = 1e-05<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; optimize_fft = yes<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; -------------------<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; ---- Final results of energy minimization process<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Energies (kJ/mol)<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Bond Angle U-B Proper Dih. Improper Dih.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; 3.58212e+04 1.88051e+04 6.00353e+03 3.58404e+04 7.30187e+00<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; CMAP Dih. LJ-14 Coulomb-14 LJ (SR) Coulomb (SR)<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; -1.39601e+02 1.11718e+04 1.76772e+05 1.66576e+05 -1.30112e+06<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Coul. recip. Potential Pressure (bar)<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; -1.17090e+05 -9.67347e+05 0.00000e+00<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Steepest Descents converged to Fmax &lt; 500 in 107 steps<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Potential Energy = -9.67347283476003e+05<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Maximum force = 4.75153618041724e+02 on atom 313<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Norm of force = 9.37591893853129e+00<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; But when i try to equilibrate this system in NVT ensemble for <br>&gt; 100 ps with the md.mdp below<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; ---- nvt.mdp -------------------<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; title = KTM17-bDM MD<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; ;define = -DPOSRES ; position restrain the protein<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; ; Run parameters<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; integrator = md ; leap-frog integrator<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; nsteps = 50000 ; 2 * 50000 = 100 ps<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; dt = 0.002 ; 2 fs<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; ; Output control<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; nstxout = 100 ; save coordinates every 0.2 ps<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; nstvout = 100 ; save velocities every 0.2 ps<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; nstenergy = 100 ; save energies every 0.2 ps<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; nstlog = 100 ; update log file every 0.2 ps<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; ; Bond parameters<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; continuation = no ; first dynamics run<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; constraint_algorithm = lincs ; holonomic constraints<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; constraints = all-bonds ; all bonds (even heavy atom-H bonds) <br>&gt; constrained&gt;<br>&gt; &gt; lincs_iter = 1 ; accuracy of LINCS<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; lincs_order = 4 ; also related to accuracy<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; ; Neighborsearching<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; vdw-type = cut-off<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; ns_type = grid ; search neighboring grid cels<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; nstlist = 5 ; 10 fs<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; rlist = 1.2 ; short-range neighborlist cutoff (in nm)<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; rcoulomb = 1.2 ; short-range electrostatic cutoff (in nm)<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; rvdw = 1.2 ; short-range van der Waals cutoff (in nm)<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; ; Electrostatics<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; coulombtype = PME ; Particle Mesh Ewald for long-range <br>&gt; electrostatics&gt;<br>&gt; &gt; pme_order = 4 ; cubic interpolation<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; fourierspacing = 0.12 ; grid spacing for FFT<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; ; Temperature coupling is on<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; tcoupl = V-rescale ; modified Berendsen thermostat<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; tc-grps = System ; one coupling groups - more accurate<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; tau_t = 0.1 ; time constant, in ps<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; ref_t = 300 ; reference temperature, one for each group, in K<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; ; Pressure coupling is off<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; pcoupl = no ; no pressure coupling in NVT<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; ; Periodic boundary conditions<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; pbc = xyz ; 3-D PBC<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; ; Dispersion correction<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; DispCorr = EnerPres ; account for cut-off vdW scheme<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; ; Velocity generation<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; gen_vel = yes ; assign velocities from Maxwell distribution<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; gen_temp = 300 ; temperature for Maxwell distribution<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; gen_seed = -1 ; generate a random seed<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; -------------<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; I obtain the following error with mdrun_mpi command<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; /usr/pbs/bin/mpiexec mdrun_mpi -s hMRP1_K-TM17_md.tpr -o <br>&gt; hMRP1_K-TM17_md.trr -c hMRP1_K-TM17_md.gro -e hMRP1_K-<br>&gt; TM17_bDM_h2o_Cl_md.edr -g hMRP1_K-TM17_bDM_h2o_Cl_md.log<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; ------ error<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Initializing Domain Decomposition on 4 nodes<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Dynamic load balancing: auto<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Will sort the charge groups at every domain (re)decomposition<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Initial maximum inter charge-group distances:<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; two-body bonded interactions: 6.729 nm, LJ-14, atoms 11100 11107<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; multi-body bonded interactions: 6.729 nm, U-B, atoms 11100 11106<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Minimum cell size due to bonded interactions: 7.402 nm<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Maximum distance for 5 constraints, at 120 deg. angles, all-<br>&gt; trans: 0.819 nm<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Estimated maximum distance required for P-LINCS: 0.819 nm<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Using 0 separate PME nodes<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Scaling the initial minimum size with 1/0.8 (option -dds) = 1.25<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Optimizing the DD grid for 4 cells with a minimum initial size <br>&gt; of 9.252 nm<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; The maximum allowed number of cells is: X 0 Y 0 Z 0<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; -------------------------------------------------------<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Program mdrun_mpi, VERSION 4.5.1<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Source code file: domdec.c, line: 6428<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Fatal error:<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; There is no domain decomposition for 4 nodes that is <br>&gt; compatible with the given box and a minimum cell size of 9.25216 nm<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Change the number of nodes or mdrun option -rdd or -dds<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Look in the log file for details on the domain decomposition<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; For more information and tips for troubleshooting, please <br>&gt; check the GROMACS<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; -------------------------------------------------------<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; "Player Sleeps With the Fishes" (Ein Bekanntes Spiel Von ID <br>&gt; Software)&gt;<br>&gt; &gt; I have also checked the mimized structure at different <br>&gt; minimization step, and I saw no problems.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; I don't know what is problem here. Could you help me ?<br>&gt; &gt;<br>&gt; <br>&gt; http://www.gromacs.org/Documentation/Errors#There_is_no_domain_decomposition_for_n_nodes_that_is_compatible_with_the_given_box_and_a_minimum_cell_size_of_x_nm<br>&gt; <br>&gt; -Justin<br>&gt; <br>&gt; &gt; Thank you in advance for your advices and comments.<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; Stephane<br>&gt; &gt;<br>&gt; <br>&gt; --<br>&gt; ========================================<br>&gt; <br>&gt; Justin A. Lemkul<br>&gt; Ph.D. Candidate<br>&gt; ICTAS Doctoral Scholar<br>&gt; MILES-IGERT Trainee<br>&gt; Department of Biochemistry<br>&gt; Virginia Tech<br>&gt; Blacksburg, VA<br>&gt; jalemkul[at]vt.edu | (540) 231-9080<br>&gt; http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin<br>&gt; <br>&gt; ========================================<br>&gt; <br>&gt; &gt; -- <br>&gt; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at <br>&gt; http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists