<br><br>----- Original Message -----<br>From: jayant james &lt;jayant.james@gmail.com&gt;<br>Date: Thursday, September 30, 2010 9:36<br>Subject: [gmx-users] distance restrained D simulations<br>To: Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br clear="all"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Hi!<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>I am trying to perform distance restrained MD simulations of a protein with Gromacs4.0.5.<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>I have a bunch of FRET distances ranging from 10Angs to 40 angs that I am incorporating simular to NOE distance restraints in NMR.<br><br>The details of how you tried to do this are important. See http://www.gromacs.org/Documentation/Errors#There_is_no_domain_decomposition_for_n_nodes_that_is_compatible_with_the_given_box_and_a_minimum_cell_size_of_x_nm and consider section 5.4 of the manual. There might be a solution that does not have this issue.<br><br>Mark<br><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> When I use one processor for the simulations its all fine, but, when I use multiple processors I get a bunch of errors<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>lets me start with the "NOTE" found below. Well do not want to increase the cut-off distance but want the program to use multiple processors. How can I overcome this problem?<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>I would appreciate your input<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Thanks<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>JJ<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><span style="color: rgb(255, 0, 0);"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>NOTE: atoms involved in distance restraints should be within the longest cut-off distance, if this is not the case mdrun generates a fatal error, in that case use particle decomposition (mdrun option -pd)</span><br style="color: rgb(255, 0, 0);"> <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br style="color: rgb(255, 0, 0);"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br style="color: rgb(255, 0, 0);"><span style="color: rgb(255, 0, 0);"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>WARNING: Can not write distance restraint data to energy file with domain decomposition</span><br style="color: rgb(255, 0, 0);"> <span style="color: rgb(255, 0, 0);"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Loaded with Money</span><br style="color: rgb(255, 0, 0);"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br style="color: rgb(255, 0, 0);"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br style="color: rgb(255, 0, 0);"><span style="color: rgb(255, 0, 0);"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>-------------------------------------------------------</span><br style="color: rgb(255, 0, 0);"> <span style="color: rgb(255, 0, 0);"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Program mdrun_mpi, VERSION 4.0.5</span><br style="color: rgb(255, 0, 0);"><span style="color: rgb(255, 0, 0);"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Source code file: ../../../src/mdlib/domdec.c, line: 5873</span><br style="color: rgb(255, 0, 0);"> <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br style="color: rgb(255, 0, 0);"><span style="color: rgb(255, 0, 0);"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Fatal error:</span><br style="color: rgb(255, 0, 0);"><span style="color: rgb(255, 0, 0);"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>There is no domain decomposition for 4 nodes that is compatible with the given box and a minimum cell size of 8.89355 nm</span><br style="color: rgb(255, 0, 0);"> <span style="color: rgb(255, 0, 0);"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Change the number of nodes or mdrun option -rdd or -dds</span><br style="color: rgb(255, 0, 0);"><span style="color: rgb(255, 0, 0);"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Look in the log file for details on the domain decomposition</span><br style="color: rgb(255, 0, 0);"> <span style="color: rgb(255, 0, 0);"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>-------------------------------------------------------</span><br style="color: rgb(255, 0, 0);"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br style="color: rgb(255, 0, 0);"><span style="color: rgb(255, 0, 0);"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>"What Kind Of Guru are You, Anyway ?" (F. Zappa)</span><br style="color: rgb(255, 0, 0);"> <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br style="color: rgb(255, 0, 0);"><span style="color: rgb(255, 0, 0);"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Error on node 0, will try to stop all the nodes</span><br style="color: rgb(255, 0, 0);"><span style="color: rgb(255, 0, 0);"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Halting parallel program mdrun_mpi on CPU 0 out of 4</span><br style="color: rgb(255, 0, 0);"> <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br style="color: rgb(255, 0, 0);"><span style="color: rgb(255, 0, 0);"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>gcq#21: "What Kind Of Guru are You, Anyway ?" (F. Zappa)</span><br style="color: rgb(255, 0, 0);"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br style="color: rgb(255, 0, 0);"><span style="color: rgb(255, 0, 0);"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>--------------------------------------------------------------------------</span><br style="color: rgb(255, 0, 0);"> <span style="color: rgb(255, 0, 0);"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>mpirun has exited due to process rank 2 with PID 28700 on</span><br style="color: rgb(255, 0, 0);"><span style="color: rgb(255, 0, 0);"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>node compute-3-73.local exiting without calling "finalize". This may</span><br style="color: rgb(255, 0, 0);"> <span style="color: rgb(255, 0, 0);"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>have caused other processes in the application to be</span><br style="color: rgb(255, 0, 0);"><span style="color: rgb(255, 0, 0);"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>terminated by signals sent by mpirun (as reported here).</span><br style="color: rgb(255, 0, 0);"> <span style="color: rgb(255, 0, 0);"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>-------------------------------------------------------------------------</span><br style="color: rgb(255, 0, 0);"><span style="color: rgb(255, 0, 0);"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>MPI_ABORT was invoked on rank 0 in communicator MPI_COMM_WORLD</span><br style="color: rgb(255, 0, 0);"> <span style="color: rgb(255, 0, 0);"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>with errorcode -1.</span><br style="color: rgb(255, 0, 0);"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br style="color: rgb(255, 0, 0);"><span style="color: rgb(255, 0, 0);"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>NOTE: invoking MPI_ABORT causes Open MPI to kill all MPI processes.</span><br style="color: rgb(255, 0, 0);"> <span style="color: rgb(255, 0, 0);"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>You may or may not see output from other processes, depending on</span><br style="color: rgb(255, 0, 0);"><span style="color: rgb(255, 0, 0);"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>exactly when Open MPI kills them.</span><br style="color: rgb(255, 0, 0);"> <span style="color: rgb(255, 0, 0);"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>--------------------------------------------------------------------------</span><br style="color: rgb(255, 0, 0);"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>-- <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Jayasundar Jayant James<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br> <a href="http://www.chick.com/reading/tracts/0096/0096_01.asp" target="1"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>www.chick.com/reading/tracts/0096/0096_01.asp</a>) <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br> &gt; -- <br>&gt; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at <br>&gt; http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists