<br><br>----- Original Message -----<br>From: Yash Gandhi &lt;ydgandhi@gmail.com&gt;<br>Date: Monday, October 4, 2010 20:32<br>Subject: [gmx-users] Polyethylene Surface generation<br>To: gmx-users@gromacs.org<br><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Hi,<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>A few days ago I had posted a request regarding help with Polyethylene surface generation. I had earlier taken help of an older thread to create a <a href="http://www.google.com/url?sa=t&amp;source=web&amp;cd=2&amp;ved=0CB4QFjAB&amp;url=http%3A%2F%2Fwww.mail-archive.com%2Fgmx-users%40gromacs.org%2Fmsg19681.html&amp;ei=j5ypTKHdAcyHcYPrkN8N&amp;usg=AFQjCNEkAowW5JCRzjdf8pZyHNj0shEcSg&amp;sig2=5dYMLHgV6B99F848iAPOEQ" target="1">gmx file for PE</a>. I also did the modifications in rtp and hdb files as mentioned in the link. After a few thoughts I tried to create a pdb file using some logic. It's as follows:<br> <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp; C1&nbsp;&nbsp; EtB &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -4.243&nbsp;&nbsp; 0.027&nbsp; -1.420 <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp; C2&nbsp;&nbsp; EtB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -2.975&nbsp; -0.719&nbsp; -0.982 <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp; C1&nbsp;&nbsp; Eth&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.840&nbsp;&nbsp; 0.252&nbsp; -0.620 <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp; C2&nbsp;&nbsp; Eth&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.566&nbsp; -0.487&nbsp; -0.180 <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp; C1&nbsp;&nbsp; Eth&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.567&nbsp;&nbsp; 0.487&nbsp;&nbsp; 0.181 <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp; C2&nbsp;&nbsp; Eth&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.841&nbsp; -0.252&nbsp;&nbsp; 0.621 <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp; C1&nbsp;&nbsp; EtE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.976&nbsp;&nbsp; 0.719&nbsp;&nbsp; 0.983 <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp; C2&nbsp;&nbsp; EtE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.244&nbsp; -0.026&nbsp;&nbsp; 1.420 <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>HETATM&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp; H11&nbsp; EtB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -5.058&nbsp; -0.688&nbsp; -1.680 <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>HETATM&nbsp;&nbsp; 10&nbsp; H12&nbsp; EtB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -4.048&nbsp;&nbsp; 0.659&nbsp; -2.317 <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>HETATM&nbsp;&nbsp; 11&nbsp; H13&nbsp; EtB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -4.620&nbsp;&nbsp; 0.690&nbsp; -0.609 <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>HETATM&nbsp;&nbsp; 12&nbsp; H21&nbsp; EtB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -2.642&nbsp; -1.393&nbsp; -1.807 <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>HETATM&nbsp;&nbsp; 13&nbsp; H22&nbsp; EtB&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -3.213&nbsp; -1.362&nbsp; -0.102 <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>HETATM&nbsp;&nbsp; 14&nbsp; H11&nbsp; Eth&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -2.179&nbsp;&nbsp; 0.926&nbsp;&nbsp; 0.202 <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>HETATM&nbsp;&nbsp; 15&nbsp; H12&nbsp; Eth&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.609&nbsp;&nbsp; 0.895&nbsp; -1.503 <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>HETATM&nbsp;&nbsp; 16&nbsp; H21&nbsp; Eth&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.227&nbsp; -1.161&nbsp; -1.003 <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>HETATM&nbsp;&nbsp; 17&nbsp; H22&nbsp; Eth&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.797&nbsp; -1.130&nbsp;&nbsp; 0.702 <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>HETATM&nbsp;&nbsp; 18&nbsp; H11&nbsp; Eth&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.228&nbsp;&nbsp; 1.161&nbsp;&nbsp; 1.003 <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>HETATM&nbsp;&nbsp; 19&nbsp; H12&nbsp; Eth&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.798&nbsp;&nbsp; 1.129&nbsp; -0.702 <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>HETATM&nbsp;&nbsp; 20&nbsp; H21&nbsp; Eth&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.180&nbsp; -0.926&nbsp; -0.202 <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>HETATM&nbsp;&nbsp; 21&nbsp; H22&nbsp; Eth&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.610&nbsp; -0.895&nbsp;&nbsp; 1.504 <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>HETATM&nbsp;&nbsp; 22&nbsp; H11&nbsp; EtE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.643&nbsp;&nbsp; 1.393&nbsp;&nbsp; 1.807 <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>HETATM&nbsp;&nbsp; 23&nbsp; H12&nbsp; EtE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3.213&nbsp;&nbsp; 1.362&nbsp;&nbsp; 0.102 <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>HETATM&nbsp;&nbsp; 24&nbsp; H21&nbsp; EtE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.059&nbsp;&nbsp; 0.688&nbsp;&nbsp; 1.679 <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>HETATM&nbsp;&nbsp; 25&nbsp; H22&nbsp; EtE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.621&nbsp; -0.690&nbsp;&nbsp; 0.608 <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>HETATM&nbsp;&nbsp; 26&nbsp; H23&nbsp; EtE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4.050&nbsp; -0.658&nbsp;&nbsp; 2.317 <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>CONECT&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2 <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>CONECT&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3 <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>CONECT&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4 <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>CONECT&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3 <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>END<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>after running pdb2gmx command and taking OPLSAA Force field with the additional residues as mentioned in the link, I am getting the same error always and I am not able to get the reason why<br><i><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Fatal error:<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> Atom C1 in residue EtOH 1 not found in rtp entry with 9 atoms<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; while sorting atoms</i><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Please help me urgently as I am not able to know why is the EtOH residue being used.<br><br>EtOH for ethanol is defined in standard OPLS/AA force field files. pdb2gmx is trying to match what you've given it to that, rather than your ethylene .rtp entries. What are your .rtp entries? Have you got your PDB columns correct? Also, perhaps keeping atoms from the same residue adjacent will be a good idea.<br><br>Mark