<br><br>----- Original Message -----<br>From: ahmet yıldırım &lt;ahmedo047@gmail.com&gt;<br>Date: Tuesday, October 5, 2010 17:41<br>Subject: Re: [gmx-users] resolved pdm2gmx<br>To: Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Dear Dr. Abraham,<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>I have been trying to install gromacs-4.5.1 for a week but I could not it. <span id="result_box" class="" lang="en"><span style="" title=""> I review the installation instructions step by step</span></span><span id="result_box" class="" lang="en"><span style="" title="">, but I failed again</span></span>.<br> <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><b><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>1.</b> I installed fftw-3.2.2 as following<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>                                         <p style="margin-bottom: 0cm;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>ab@ab-desktop:~/Masaüstü/ cd fftw-3.2.2<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>ab@ab-desktop:~/Masaüstü/fftw-3.2.2<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>ab@ab-desktop:~/Masaüstü/fftw-3.2.2 ./configure --enable-threads --enable-float<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>ab@ab-desktop:~/Masaüstü/fftw-3.2.2 make<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>ab@ab-desktop:~/Masaüstü/fftw-3.2.2 make install</p><p style="margin-bottom: 0cm;"><b><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>In this way, Gromacs-4.5.1 installed /usr/local/gromacs directory-(I have root permissions to write there)</b></p> <b><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>2.</b> I installed&nbsp;                                     gromacs-4.5.1 as folowing                                         <p style="margin-bottom: 0cm;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>ab@ab-desktop:~/Masaüstü/gromacs-4.5.1 ./configure <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>ab@ab-desktop:~/Masaüstü/gromacs-4.5.1 make<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>ab@ab-desktop:~/Masaüstü/gromacs-4.5.1 sudo make install</p><br><b><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>In this way, FFTW-3.2.2 installed /usr/local/include </b><b>and&nbsp; </b><b>/usr/local/bin </b><b>directories</b>-<b>-(I have root permissions to write there)</b><br> <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>You said:<br><blockquote style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;" class="gmail_quote"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>This set of instructions will not use the above FFTW in GROMACS. The  configure command is inappropriate. Please see the installation guide  for the proper approach.<br></blockquote><span id="result_box" class="short_text" lang="en"><span style="" title=""><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Can you tell me my mistake?</span></span><br><br>You need (at least) "configure --with-fft=fftw3" and a suitably configured environment. See http://www.gromacs.org/index.php?title=Download_%26_Installation/Installation_Instructions<br><br>Mark