Pre-supposing the suitability of only one tool is pretty limiting - and that's before you consider the weaknesses of PRODRG even for its target forcefields.<br><br>For decane, writing the topology by hand is feasible. There's at most 3 atom types and only 32 atoms, after all. Otherwise, consider http://www.gromacs.org/index.php?title=Download_%26_Installation/Related_Software/MKTOP<br><br>Mark<br>----- Original Message -----<br>From: vinothkumar mohanakrishnan &lt;kmvinoth@gmail.com&gt;<br>Date: Tuesday, October 5, 2010 16:43<br>Subject: [gmx-users] Reg: Prodrg topology<br>To: Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Hi all<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>I want to generate a topology file for say decane from prodrg for oplsaa force field. is it possible?. i get a topology file from prodrg for gromos96.1 force field and i am able to process it further. when i use the topology file generated for gromos96.1(from prodrg) for oplsaa i get the error (during grompp) as atomtype CH3 not found ( as expected, i know why it happens). hence my question is how to use oplsaa for decane molecule?<br> <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Regards<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Vinoth<br> &gt; -- <br>&gt; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at <br>&gt; http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists