<!DOCTYPE HTML PUBLIC "-//W3C//DTD HTML 4.01 Transitional//EN">
<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#ffffff" text="#000000">
    You can use the m2p file to tune the size of the datapoint in the x-
    and/or y-dimension.<br>
    <br>
    Erik<br>
    <br>
    Carla Jamous skrev 2010-10-05 13.21:
    <blockquote
      cite="mid:AANLkTimzDY=E5q=WXeODJUZogm-YuNF9wg64T11aziTh@mail.gmail.com"
      type="cite"><br>
      Thank you Justin,<br>
      <br>
      I used an .m2p file to change the properties of my .xpm.<br>
      I got an .eps file that I opened with Gimp. In order to visualize
      this .eps file, I have to put 200% in Gimp.<br>
      But my problem is that my graph is too large, so I can't seem to
      print it out.<br>
      I really&nbsp; to print the .eps file, so please is there a way to do
      it or do I have to split my trajectory and generate many .eps ?<br>
      <br>
      Thanks,<br>
      Carla<br>
      <br>
      <div class="gmail_quote">On Fri, Oct 1, 2010 at 2:34 PM, Justin A.
        Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a moz-do-not-send="true"
            href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span>
        wrote:<br>
        <blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt
          0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204);
          padding-left: 1ex;">
          <div class="im"><br>
            <br>
            Carla Jamous wrote:<br>
            <blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt
              0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204);
              padding-left: 1ex;">
              Hi everyone,<br>
              <br>
              Please I need some help visualizing an .xpm file.<br>
              I tried to open my .xpm file (g_hbond matrix) with Gimp
              but It gives me red lines that I don't understand.<br>
              So I converted my .xpm file into an .eps file with xpm2ps.
              When I try to open my .eps file, I get the legend:<br>
              Hydrogen bonds<br>
              white=none<br>
              red=Present<br>
              <br>
              And the legend of my axis: x axis=time(ps)<br>
              &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;y axis=Hydrogen
              Bond index<br>
              <br>
              But I can't see the values: It means I see that there is
              an axis but it's a black bold line instead of values of
              time or number of atoms in hydrogen bonds.<br>
              <br>
            </blockquote>
            <br>
          </div>
          You're not going to get any numbers in this plot (aside from
          hydrogen bond indices). &nbsp;The matrix you're trying to plot is
          an existence matrix, a red pixel if the hydrogen bond is
          present, a white one if none is present. &nbsp;You can map which
          hydrogen bond is which from the hbond.ndx file. &nbsp;That is, once
          you get it rendered properly (see below).
          <div class="im">
            <br>
            <br>
            <blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt
              0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204);
              padding-left: 1ex;">
              Please how can I visualize correctly my matrix?<br>
              <br>
            </blockquote>
            <br>
          </div>
          You can alter its properties (proportions, x/y spacing) with a
          .m2p file. &nbsp;There is an example in the online manual. &nbsp;If the
          plot is simply a straight line, you'll probably want to
          decrease the x-spacing and increase the y-spacing to make it
          look normal.<br>
          <br>
          -Justin<br>
          <br>
          <blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt
            0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204);
            padding-left: 1ex;">
            Thank you<br>
            <br>
            Carla<br>
            <br>
          </blockquote>
          <br>
          -- <br>
          ========================================<br>
          <br>
          Justin A. Lemkul<br>
          Ph.D. Candidate<br>
          ICTAS Doctoral Scholar<br>
          MILES-IGERT Trainee<br>
          Department of Biochemistry<br>
          Virginia Tech<br>
          Blacksburg, VA<br>
          jalemkul[at]<a moz-do-not-send="true" href="http://vt.edu"
            target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
          <a moz-do-not-send="true"
            href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin"
            target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
          <br>
          ========================================<br>
          <font color="#888888">
            -- <br>
            gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a moz-do-not-send="true"
              href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
            <a moz-do-not-send="true"
              href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users"
              target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
            Please search the archive at <a moz-do-not-send="true"
              href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search"
              target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a>
            before posting!<br>
            Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use
            the www interface or send it to <a moz-do-not-send="true"
              href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org"
              target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
            Can't post? Read <a moz-do-not-send="true"
              href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists"
              target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
          </font></blockquote>
      </div>
      <br>
    </blockquote>
    <br>
    <br>
    <pre class="moz-signature" cols="72">-- 
-----------------------------------------------
Erik Marklund, PhD student
Dept. of Cell and Molecular Biology, Uppsala University.
Husargatan 3, Box 596,    75124 Uppsala, Sweden
phone:    +46 18 471 4537        fax: +46 18 511 755
<a class="moz-txt-link-abbreviated" href="mailto:erikm@xray.bmc.uu.se">erikm@xray.bmc.uu.se</a>    <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://folding.bmc.uu.se/">http://folding.bmc.uu.se/</a>
</pre>
  </body>
</html>