<br>Thank you Justin,<br><br>I used an .m2p file to change the properties of my .xpm.<br>I got an .eps file that I opened with Gimp. In order to visualize this .eps file, I have to put 200% in Gimp.<br>But my problem is that my graph is too large, so I can&#39;t seem to print it out.<br>
I really  to print the .eps file, so please is there a way to do it or do I have to split my trajectory and generate many .eps ?<br><br>Thanks,<br>Carla<br><br><div class="gmail_quote">On Fri, Oct 1, 2010 at 2:34 PM, Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;"><div class="im"><br>
<br>
Carla Jamous wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
Hi everyone,<br>
<br>
Please I need some help visualizing an .xpm file.<br>
I tried to open my .xpm file (g_hbond matrix) with Gimp but It gives me red lines that I don&#39;t understand.<br>
So I converted my .xpm file into an .eps file with xpm2ps. When I try to open my .eps file, I get the legend:<br>
Hydrogen bonds<br>
white=none<br>
red=Present<br>
<br>
And the legend of my axis: x axis=time(ps)<br>
                                          y axis=Hydrogen Bond index<br>
<br>
But I can&#39;t see the values: It means I see that there is an axis but it&#39;s a black bold line instead of values of time or number of atoms in hydrogen bonds.<br>
<br>
</blockquote>
<br></div>
You&#39;re not going to get any numbers in this plot (aside from hydrogen bond indices).  The matrix you&#39;re trying to plot is an existence matrix, a red pixel if the hydrogen bond is present, a white one if none is present.  You can map which hydrogen bond is which from the hbond.ndx file.  That is, once you get it rendered properly (see below).<div class="im">
<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
Please how can I visualize correctly my matrix?<br>
<br>
</blockquote>
<br></div>
You can alter its properties (proportions, x/y spacing) with a .m2p file.  There is an example in the online manual.  If the plot is simply a straight line, you&#39;ll probably want to decrease the x-spacing and increase the y-spacing to make it look normal.<br>

<br>
-Justin<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
Thank you<br>
<br>
Carla<br>
<br>
</blockquote>
<br>
-- <br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
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