<br><br>----- Original Message -----<br>From: #ZHAO LINA# &lt;ZHAO0139@e.ntu.edu.sg&gt;<br>Date: Wednesday, October 6, 2010 19:44<br>Subject: [gmx-users] How can I best setup the nodes number<br>To: "gmx-users@gromacs.org" &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><br><span dir="ltr"><p>  <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1"> <style id="owaParaStyle" type="text/css">P {margin-top:0;margin-bottom:0;}</style> <table><tbody><tr><td ocsi="0" fpstyle="1"><p> </p><div style="direction: ltr; font-family: Tahoma; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 13px;"> <div style=""><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Hi,<br> <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> Estimate for the relative computational load of the PME mesh part: 0.33<br> <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> How do I set how many nodes I should use?<br> <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> #PBS -l nodes=12:ppn=4<br> <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> What if the PME mesh part has different values?<br> <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font> is it okay? Before I did those kind of very blindly, just based on the most nodes I can use to hopefully run quickly. <br><br>There's some discussion in manual 3.17.5.<br><br>Mark<br></div></div></td></tr></tbody></table></p></span>