<html dir="ltr">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
<style id="owaParaStyle" type="text/css">P {margin-top:0;margin-bottom:0;}</style>
</head>
<body ocsi="0" fpstyle="1">
<div style="direction: ltr; font-family: Tahoma; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 13px;">
<div style="">I think I know how many ppn one nodes have. :-)<br>
<br>
My question was that the number of ppn has something to do with the PME mesh part number or not?<br>
<br>
Why sometimes I had a big load imbalance.<br>
<br>
Thanks and best regards,<br>
<br>
lina<br>
&nbsp;<br>
</div>
<div style="font-family: Times New Roman; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 16px;">
<hr tabindex="-1">
<div style="direction: ltr;" id="divRpF593070"><font color="#000000" face="Tahoma" size="2"><b>From:</b> gmx-users-bounces@gromacs.org [gmx-users-bounces@gromacs.org] on behalf of vinothkumar mohanakrishnan [kmvinoth@gmail.com]<br>
<b>Sent:</b> Wednesday, October 06, 2010 4:48 PM<br>
<b>To:</b> Discussion list for GROMACS users<br>
<b>Subject:</b> Re: [gmx-users] How can I best setup the nodes number<br>
</font><br>
</div>
<div></div>
<div>I think the PME mesh part is ok and it should be less than 0.5 always.<br>
<br>
Regarding the nodes ask your administrator how many ppn one node have. <br>
example <br>
suppose if one node has 6 ppn then 12 nodes will have 72ppn which is sufficient to run md.<br>
<br>
hope the above explanation helps you.<br>
<br>
Regards<br>
Vinoth<br>
<br>
<div class="gmail_quote">On Wed, Oct 6, 2010 at 2:13 PM, #ZHAO LINA# <span dir="ltr">
&lt;<a href="mailto:ZHAO0139@e.ntu.edu.sg" target="_blank">ZHAO0139@e.ntu.edu.sg</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; padding-left: 1ex;">
<div>
<div style="direction: ltr; font-family: Tahoma; color: rgb(0, 0, 0); font-size: 13px;">
<div>Hi,<br>
<br>
Estimate for the relative computational load of the PME mesh part: 0.33<br>
<br>
How do I set how many nodes I should use?<br>
<br>
#PBS -l nodes=12:ppn=4<br>
<br>
What if the PME mesh part has different values?<br>
<br>
is it okay? Before I did those kind of very blindly, just based on the most nodes I can use to hopefully run quickly.
<br>
<br>
Thanks and best regards,<br>
<br>
lina<br>
</div>
</div>
</div>
<br>
--<br>
gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">
http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">
gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">
http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
</blockquote>
</div>
<br>
</div>
</div>
</div>
</body>
</html>