<br><br>----- Original Message -----<br>From: vinothkumar mohanakrishnan &lt;kmvinoth@gmail.com&gt;<br>Date: Wednesday, October 6, 2010 17:18<br>Subject: Re: [gmx-users] Reg: Energy minimisation of hexane<br>To: Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Hi Mark<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>I saw both the .gro file of hexane before and after EM in VMD as well checked their coordinates. I am not able to make anything out of it. it will better if one knows how to find the steric clash between two molecules?.<br><br>  It's best avoided rather than searched for. Consider whether your box  size is suitable for your coordinates. Construct a simpler version that  is easier to check by hand.<br><br>VMD is a good tool for seeking steric clashes, because its bond-creating  heuristics when you load in a .gro file will normally indicate where  atoms are too close together. From VMD's Tk console you can use "pbc  box" to view the box wrt the coordinates.<br><br>Mark <br>