Hi all<br><br>I am trying to simulate 150 molecules of hexane in a triclinic box (8.319*3.01*3.01 nm^3) using OPLSAA force field.I got the .gro file from PRODRG and generated the topology using X2top command. when i run energy minimisation for hexane my potential energy is positve. is this right?. what i should correct to get the potential energy as negative. below is my result. any help is highly appreciated.<br>
<br>Steepest Descents converged to Fmax &lt; 100 in 10454 steps<br>Potential Energy  =  3.4133051e+04<br>Maximum force     =  9.8812309e+01 on atom 635<br>Norm of force     =  7.9230022e+00<br><br>Below is my contents of my em.mdp file<br>
<br>integrator        = cg        <br>emtol             = 100.0      <br>emstep          = 0.01        <br>nsteps           = 50000         <br>nstcgsteep     = 1000<br>nstlist             = 1       <br>ns_type          = grid        <br>
rlist                = 1.0       <br>coulombtype   = PME       <br>fourierspacing = 0.12<br>rcoulomb        = 1.0       <br>rvdw              = 1.0       <br>pbc               = xyz <br><br>Regards<br>Vinoth       <br><br>