<br><br>----- Original Message -----<br>From: Vitaly Chaban &lt;vvchaban@gmail.com&gt;<br>Date: Thursday, October 7, 2010 3:53<br>Subject: [gmx-users] Re: About the charge<br>To: gmx-users@gromacs.org<br><br>&gt; Dear Anil:<br>&gt; <br>&gt; If the charge is integer, I believe this depends only on your protein,<br>&gt; and you are the only one who knows the answer. If the charge is not<br>&gt; integer, then these are rounding errors.<br><br>... or errors from the inappropriate introduction of terminal capping groups.<br><br>Mark<br><br>&gt; &gt; Dear friends,<br>&gt; &gt;<br>&gt; &gt; please tell me, what are the possible reasons for the system <br>&gt; total charge in<br>&gt; &gt; not zero and the need to neutralise it in MD simulation of the <br>&gt; proteins.&gt;<br>&gt; &gt; --<br>&gt; &gt; Anil R.Mhashal<br>&gt; &gt; Research fellow<br>&gt; &gt; Physical Chemistry Division<br>&gt; &gt; National Chemical Laboratory<br>&gt; &gt; Pune<br>&gt; -- <br>&gt; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at <br>&gt; http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists