Manual section 7.3 covers what all the of the .mdp settings do. One of them covers PBC.<br><br>Mark<br><br>----- Original Message -----<br>From: Xiaoling Leng &lt;lengxl916@gmail.com&gt;<br>Date: Thursday, October 7, 2010 18:22<br>Subject: [gmx-users] A simple question<br>To: gmx-users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><br><div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Hi, everyone. I am running gromacs, using force field G43a2. I just want to make sure that, does the gromacs uses periodic boundary condition in my simulation? Well, anyhow, where could I find a place to know what kind of boundary condition the gromacs uses?</div> <div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br></div><div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Thanks ahead.</div><div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br></div><div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Xiaoling Leng&nbsp;<br></div> &gt; -- <br>&gt; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at <br>&gt; http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists