<div class="gmail_quote"><br>Hi everybody,<br><br>I want to use OPLS-AA force field to do simulation for dendrimer(see the attached files for figure and .pdb). If the pH&lt;4.0£¬the tertiary amines on the dendrimer will be protonated, i.e. (CH2)3-N will be changed to (CH2)3-NH+.&nbsp; Now, I have two questions as follows.<br>


<br>1. How can I use pdb2gmx to get the .gro and .itp? It seems there are not the <i>residue.</i><br><br>2. I don&#39;t find the suitable force field for the N in (CH2)3-NH+, How can I deal with this?<br><br>Any suggestion is appreciated. Thanks in advance.<br clear="all">

<br>-- <br>wende<br><br></div>