Hi,<div><br></div><div>one possible reason could be that the files are not included correctly. Check the -pp output. Otherwise it is difficult to tell without the files.</div><div><br></div><div>Roland<br><br><div class="gmail_quote">

On Fri, Oct 8, 2010 at 5:48 AM, Christian Seifert <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:cseifert@bph.ruhr-uni-bochum.de">cseifert@bph.ruhr-uni-bochum.de</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex;">

Hi GMXers,<br>
<br>
this is a Mail from one of my colleagues (who is not yet member of<br>
this )<br>
Hi GMXers,<br>
<br>
a colleague of mine (who is not yet member of our enlightened list, but<br>
maybe I can convince him, if we find a solution.. ^^) has a problem<br>
after he had copied functioning CHARMM parameters to GMX. I tried to<br>
solve the problem, but my trained knowledge on parameterization of OPLS<br>
parameters in GMX 4.0 was obviously not sufficient for CHARMM and GMX<br>
4.5.<br>
<br>
Greets,<br>
Christian<br>
<br>
<br>
Dear Users,<br>
<br>
After using the<br>
<br>
grompp -v -f minim.mdp -c hpgk_open_adp_bpg-water.gro -p<br>
hpgk_open_adp_bpg.top -o hpgk_open_adp_bpg-water.tpr<br>
<br>
Gromacs command, I got the following error message from grompp<br>
<br>
Program grompp, VERSION 4.5.1<br>
<br>
Source code file: ../../../gromacs-4.5.1/src/kernel/toppush.c, line: 631<br>
<br>
Fatal error:<br>
<br>
Unknown bond_atomtype CN7<br>
<br>
I have a system of a protein in complex with two substrates: ADP and<br>
BIPG (bis-phosphoglycerate). I am using the CHARMM27 force field. I have<br>
added new parameters for BIPG in the corresponding .itp files (bonded<br>
paramerers to ffnabonded.itp and non-bonded parameters to<br>
ffnanonbonded.itp). All the atomtypes of BIPG are defined in<br>
atomtypes.atp. I have built the topology for BIPG in .rtp file and<br>
hyrodgen data base file .hdb as well. Moreover I have added BIPG as new<br>
residue in the residuetypes.dat file. I have created succesfully a .top<br>
file for my system and molecule.itp files for the protein and each<br>
substrates by pdb2gmx. The .top and molecule.itp files are in accordance<br>
with the rtp files. However grompp cannot recognize the bond parameter<br>
for the CN7 atom of BIPG. Is there any idea to solve this problem?<br>
<br>
<br>
Thank you in advance,<br>
<br>
Zoltan Palmai<br>
<br>
--<br>
M.Sc. Christian Seifert<br>
Department of Biophysics<br>
University of Bochum<br>
ND 04/67<br>
44780 Bochum<br>
Germany<br>
Tel: +49 (0)234 32 28363<br>
Fax: +49 (0)234 32 14626<br>
E-Mail: <a href="mailto:cseifert@bph.rub.de">cseifert@bph.rub.de</a><br>
Web: <a href="http://www.bph.rub.de" target="_blank">http://www.bph.rub.de</a><br>
<font color="#888888"><br>
--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
</font></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br>ORNL/UT Center for Molecular Biophysics <a href="http://cmb.ornl.gov">cmb.ornl.gov</a><br>865-241-1537, ORNL PO BOX 2008 MS6309<br>
</div>