I'd take a look at do_md in src/kernel/md.c and see for myself :-)<br><br>I think the question is moot, because I have the off-hand impression that, for the md integrator, constraints are not implemented through modifying the force vectors, but rather imposed by the constraint algorithm upon the post-integration positions. I could be wrong - I've never needed to look at that code - but if the force vector is not being passed to the constraint routine...<br><br>Mark<br><br>----- Original Message -----<br>From: Sikandar Mashayak &lt;symashayak@gmail.com&gt;<br>Date: Saturday, October 9, 2010 3:29<br>Subject: [gmx-users] Re: forces from trajectory<br>To: Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt;<br><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Could anyone please clarify on my previous question? I am very confused about the force value issue. <br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>thanks<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>sikandar<br><div class="gmail_quote"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>On Thu, Oct 7, 2010 at 2:27 PM, Sikandar Mashayak <span dir="ltr">&lt;<a href="javascript:main.compose('new', 't=symashayak@gmail.com')">symashayak@gmail.com</a>&gt;</span> wrote:<br> <blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>Hi<br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>In the post-processing ( analysis) code using gromacs trajectory, I access force values on atom using fr.x[indx_atm][XX]. The confusion I have is that " what force is it? is it the force before constraints ( fixed bonds) are applied or is it the effective force due to atom-atom interactions plus any constraints?"<br>  <font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>thanks<br><font color="#888888"><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font>sikandar<br> </font></blockquote></div><font style="font-style: normal; font-weight: normal; background-color: rgb(245, 248, 240); font-size: 14px;">&gt; </font><br> &gt; -- <br>&gt; gmx-users mailing list&nbsp;&nbsp;&nbsp; gmx-users@gromacs.org<br>&gt; http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users<br>&gt; Please search the archive at <br>&gt; http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search before posting!<br>&gt; Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>&gt; www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>&gt; Can't post? Read http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists