So if I want to get protein-solvent component I should add in .mdp:<br><br>energygrps = Protein SOL<br><br>?<br><br><div class="gmail_quote">10 ฯหิัยาั 2010šว. 16:41 ะฯฬฺุฯืมิลฬุ Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> ฮมะษำมฬ:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;"><div class="im"><br>
<br>
๐ลิา ๐ฯะฯื wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
Thank you for response!<br>
One more question:<br>
How can I get file with energy groups? Should I use grompp with a -e ener.edr option? In this case, how to build ener.edr file?<br>
<br>
</blockquote>
<br></div>
The &quot;energrygrps&quot; keyword is an .mdp option, so generate a new .tpr file with the desired groups and use the -rerun feature of mdrun on the trajectory that has already been produced.<br>
<br>
-Justin<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
9 ฯหิัยาั 2010 ว. 14:50 ะฯฬฺุฯืมิลฬุ Mark Abraham &lt;<a href="mailto:mark.abraham@anu.edu.au" target="_blank">mark.abraham@anu.edu.au</a> &lt;mailto:<a href="mailto:mark.abraham@anu.edu.au" target="_blank">mark.abraham@anu.edu.au</a>&gt;&gt; ฮมะษำมฬ:<div class="im">
<br>
<br>
 š šYou can get that with cunning use of energy groups and mdrun -rerun,<br>
 š šbut not mid-simulation.<br>
 š šMark<br>
<br>
 š š----- Original Message -----<br>
 š šFrom: ๐ลิา ๐ฯะฯื &lt;<a href="mailto:magistrpetrus@gmail.com" target="_blank">magistrpetrus@gmail.com</a><br></div><div class="im">
 š š&lt;mailto:<a href="mailto:magistrpetrus@gmail.com" target="_blank">magistrpetrus@gmail.com</a>&gt;&gt;<br>
 š šDate: Saturday, October 9, 2010 21:41<br>
 š šSubject: [gmx-users] output force<br></div><div><div></div><div class="h5">
 š šTo: <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a> &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
<br>
 š š &gt; Hello dear gmx-users!<br>
 š š &gt;<br>
 š š &gt; When calculated forces in gromacs to produce pmf, we have the net<br>
 š šforce in output. For example:<br>
 š š &gt; ...<br>
 š š &gt; #<br>
 š š &gt; # Giving Russians Opium May Alter Current Situation<br>
 š š &gt; #<br>
 š š &gt; @ š štitle &quot;Pull force&quot;<br>
 š š &gt; @ š šxaxis šlabel &quot;Time (ps)&quot;<br>
 š š &gt; @ š šyaxis šlabel &quot;Force (kJ/mol/nm)&quot;<br>
 š š &gt; @TYPE xy<br>
 š š &gt; 0.000000 š š š š š š š š1017490.761270<br>
 š š &gt; 0.002000 š š š š š š š š-253098.034916<br>
 š š &gt; 0.004000 š š š š š š š š-43856.400160<br>
 š š &gt; 0.006000 š š š š š š š š48980.619113<br>
 š š &gt; 0.008000 š š š š š š š š52103.053067<br>
 š š &gt; 0.010000 š š š š š š š š33788.090031<br>
 š š &gt; 0.012000 š š š š š š š š19096.388350<br>
 š š &gt; 0.014000 š š š š š š š š14094.738810<br>
 š š &gt; 0.016000 š š š š š š š š14027.621966<br>
 š š &gt; 0.018000 š š š š š š š š15162.993741<br>
 š š &gt; 0.020000 š š š š š š š š14136.978177<br>
 š š &gt; ... etc.<br>
 š š &gt;<br>
 š š &gt; What sould I do to get the net force of protein-solvent<br>
 š šinteractions or protein-protein interactions or solvent-solvent<br>
 š šinteractions instead and get output .xvg file in the form like this:<br>
 š š &gt;<br>
 š š &gt; time š š Force(type1) š šForce(type2) š šForce(type3)<br>
 š š &gt;<br>
 š š &gt; t1 š š š š f1 š š š š š š š š š f1 š š š š š š š š š šf1<br>
 š š &gt; t2 š š š š f2 š š š š š š š š š f2 š š š š š š š š š šf2<br>
 š š &gt; t3 š š š š f3 š š š š š š š š š f3 š š š š š š š š š šf3<br>
 š š &gt; ... š š š š... š š š š š š š š š ... š š š š š š š š š š...<br>
 š š &gt; etc.<br>
 š š &gt;<br>
 š š &gt; Thank you for attention and I hope you will help me!<br>
 š š &gt; --<br>
 š š &gt; gmx-users mailing list š š<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br></div></div>
 š š&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<div class="im"><br>
 š š &gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
 š š &gt; Please search the archive at<br>
 š š &gt; <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
 š š &gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
 š š &gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br></div>
 š š&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;.<div class="im"><br>
 š š &gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
 š š--<br>
 š šgmx-users mailing list š š<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br></div>
 š š&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<div class="im"><br>
 š š<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
 š šPlease search the archive at<br>
 š š<a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
 š šPlease don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
 š šwww interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br></div>
 š š&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>&gt;.<div class="im"><br>
 š šCan&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
<br>
<br>
</div></blockquote>
<br>
-- <br>
========================================<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
========================================<div><div></div><div class="h5"><br>
-- <br>
gmx-users mailing list š š<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
</div></div></blockquote></div><br>